nameassignment.cpp

   1 using namespace std;
   2
   3 #include "nameassignment.hpp"
   4
   5 //**********************************************************************************************************************
   6
   7 NameAssignment::NameAssignment(string nameMapFile){
   8
   9         openInputFile(nameMapFile, fileHandle);
  10
  11 }
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  13 //**********************************************************************************************************************
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  15 void NameAssignment::readMap(int colA, int colB){
  16         try{
  17                 string firstCol, secondCol, skip;
  18         //      int index = 0;
  19
  20                 int skipNCols = colB-colA-1;
  21
  22                 map<string, string> data;
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  24                 while(fileHandle){
  25                         fileHandle >> firstCol;                         //read from first column
  26
  27                         for(int i=0;i<skipNCols;i++){           //allows for anticipated file format
  28                                 fileHandle >> skip;
  29                         }
  30
  31                         fileHandle >> secondCol;                        //read from second column
  32
  33                         data[firstCol] = secondCol;                     //store data in map
  34
  35                         gobble(fileHandle);
  36                 }
  37                 fileHandle.close();
  38
  39                 int rowIndex = 0;
  40                 map<string, string>::iterator it = data.begin();
  41                 for(it;it!=data.end();it++){
  42                         list.push_back(it->second);             //adds data's value to list
  43                         (*this)[it->first] = rowIndex;
  44                         rowIndex++;
  45                 }
  46         }
  47         catch(exception& e) {
  48                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the NameAssignment class Function readMap. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  49                 exit(1);
  50         }
  51         catch(...) {
  52                 cout << "An unknown error has occurred in the NameAssignment class function readMap. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  53                 exit(1);
  54         }
  55 }
  56
  57 //**********************************************************************************************************************
  58
  59 ListVector NameAssignment::getListVector(void){
  60
  61         return list;
  62
  63 }
  64
  65 //**********************************************************************************************************************
  66
  67 void NameAssignment::print(void){
  68         try {
  69                 map<string,int>::iterator it = (*this).begin();
  70                 for(it;it!=(*this).end();it++){
  71                         cout << it->first << '\t' << it->second << endl;  //prints out keys and values of the map this.
  72                 }
  73         }
  74         catch(exception& e) {
  75                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the NameAssignment class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  76                 exit(1);
  77         }
  78         catch(...) {
  79                 cout << "An unknown error has occurred in the NameAssignment class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  80                 exit(1);
  81         }
  82 }
  83
  84 //**********************************************************************************************************************
  85
  86 int NameAssignment::get(string key){
  87
  88         return  (*this)[key];
  89
  90 }
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  92 //**********************************************************************************************************************
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