nameassignment.cpp

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   3 #include "nameassignment.hpp"
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   5 //**********************************************************************************************************************
   6
   7 NameAssignment::NameAssignment(string nameMapFile){
   8
   9         openInputFile(nameMapFile, fileHandle);
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  11 }
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  13 //**********************************************************************************************************************
  14
  15 void NameAssignment::readMap(){
  16         try{
  17                 string firstCol, secondCol, skip;
  18         //      int index = 0;
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  20
  21 //              map<string, string> data;
  22                 int rowIndex = 0;
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  24                 while(fileHandle){
  25                         fileHandle >> firstCol;                         //read from first column
  26                         fileHandle >> secondCol;                        //read from second column
  27
  28 //                      data[firstCol] = secondCol;                     //store data in map
  29
  30                         list.push_back(secondCol);              //adds data's value to list
  31                         (*this)[firstCol] = rowIndex++;
  32                         gobble(fileHandle);
  33                 }
  34                 fileHandle.close();
  35
  36 //              map<string, string>::iterator it = data.begin();
  37 //              for(it;it!=data.end();it++){
  38 //                      cout << it->first << endl;
  39 //                      (*this)[it->first] = rowIndex;
  40 //                      rowIndex++;
  41 //              }
  42         }
  43         catch(exception& e) {
  44                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the NameAssignment class Function readMap. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  45                 exit(1);
  46         }
  47         catch(...) {
  48                 cout << "An unknown error has occurred in the NameAssignment class function readMap. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  49                 exit(1);
  50         }
  51 }
  52
  53 //**********************************************************************************************************************
  54
  55 ListVector NameAssignment::getListVector(void){
  56
  57         return list;
  58
  59 }
  60
  61 //**********************************************************************************************************************
  62
  63 void NameAssignment::print(void){
  64         try {
  65                 map<string,int>::iterator it = (*this).begin();
  66                 for(it;it!=(*this).end();it++){
  67                         cout << it->first << '\t' << it->second << endl;  //prints out keys and values of the map this.
  68                 }
  69         }
  70         catch(exception& e) {
  71                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the NameAssignment class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  72                 exit(1);
  73         }
  74         catch(...) {
  75                 cout << "An unknown error has occurred in the NameAssignment class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  76                 exit(1);
  77         }
  78 }
  79
  80 //**********************************************************************************************************************
  81
  82 int NameAssignment::get(string key){
  83
  84         return  (*this)[key];
  85
  86 }
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  88 //**********************************************************************************************************************
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