myseqdist.h

   1 #ifndef CORRECTDIST_H
   2 #define CORRECTDIST_H
   3
   4
   5 /*
   6  *  pds.seqdist.h
   7  *
   8  *
   9  *  Created by Pat Schloss on 8/12/11.
  10  *  Copyright 2011 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14 #include "mothurout.h"
  15
  16 /**************************************************************************************************/
  17
  18 class correctDist {
  19 public:
  20         correctDist(string, int);
  21         correctDist(int);
  22         ~correctDist(){}
  23
  24         int addSeq(string, string);
  25         int execute(string);
  26
  27 private:
  28         MothurOut* m;
  29         int getSequences(string);
  30         vector<int> fixSequence(string);
  31
  32         int driver(int, int, string);
  33         int createProcess(string);
  34
  35         double getDist(vector<int>&, vector<int>&);
  36         int getLastMatch(char, vector<vector<char> >&, int, int, vector<int>&, vector<int>&);
  37
  38         vector<vector<double> > correctMatrix;
  39
  40         vector<vector<int> > sequences;
  41
  42         vector<string> names;
  43         int numSeqs;
  44         int processors;
  45         vector<int> start;
  46         vector<int> end;
  47 };
  48
  49 /**************************************************************************************************/
  50
  51 #endif
  52
  53