mothurmetastats.h

   1 #ifndef MOTHUR_METASTATS
   2 #define MOTHUR_METASTATS
   3
   4 /*
   5  *  mothurmetastats.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 7/6/11.
   9  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
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  14 #include "mothurout.h"
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  16 class MothurMetastats {
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  18         public:
  19                 MothurMetastats(double, int); //threshold, numPermutations
  20                 ~MothurMetastats();
  21
  22                 int runMetastats(string, vector< vector<double> >&, int); //outputFileName, data, secondGroupingStart
  23
  24         private:
  25                 MothurOut* m;
  26                 int row, column, numPermutations;
  27                 double threshold;
  28
  29                 int start(vector<double>&, int, vector<double>&, vector< vector<double> >&); //Find the initial values for the matrix
  30                 int meanvar(vector<double>&, int, vector<double>&);
  31                 int testp(vector<double>&, vector<double>&, vector<double>&, int, vector<double>&, vector<double>&);
  32                 int permute_matrix(vector<double>&, vector<double>&, int, vector<double>&, vector<double>&, vector<double>&);
  33                 int permute_array(vector<int>&);
  34                 int calc_twosample_ts(vector<double>&, int, vector<double>&, vector<double>&, vector<double>&);
  35                 vector<double> smoothSpline(vector<double>, vector<double>, int);
  36                 vector<double> calc_qvalues(vector<double>&);
  37                 vector<double> sknot1(vector<double>);
  38                 int nkn(int);
  39                 int OrderPValues(int, int, vector<double>&, vector<int>&);
  40                 int swapElements(int, int, vector<double>&, vector<int>&);
  41                 vector<int> getSequence(int, int, int);
  42
  43                 int spline(vector<double>&, vector<double>&, int, int, vector<double>&);
  44                 int splint(vector<double>&, vector<double>&, double&, double&, vector<double>&);
  45
  46
  47 };
  48
  49 #endif
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