mothur.h

   1 #ifndef MOTHUR_H
   2 #define MOTHUR_H
   3
   4
   5
   6 /*
   7  *  mothur.h
   8  *  Mothur
   9  *
  10  *  Created by Sarah Westcott on 2/19/09.
  11  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  12  *
  13  */
  14
  15 /* This file contains all the standard incudes we use in the project as well as some common utilities. */
  16
  17 //#include <cstddef>
  18
  19 //io libraries
  20 #include <iostream>
  21 #include <iomanip>
  22 #include <fstream>
  23 #include <sstream>
  24 #include <signal.h>
  25
  26
  27 //exception
  28 #include <stdexcept>
  29 #include <exception>
  30 #include <cstdlib>
  31
  32
  33 //containers
  34 #include <vector>
  35 #include <set>
  36 #include <map>
  37 #include <string>
  38 #include <list>
  39 #include <string.h>
  40
  41 //math
  42 #include <cmath>
  43 #include <math.h>
  44 #include <algorithm>
  45
  46 //misc
  47 #include <cerrno>
  48 #include <ctime>
  49 #include <limits>
  50
  51 #ifdef USE_MPI
  52         #include "mpi.h"
  53 #endif
  54 /***********************************************************************/
  55
  56 #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
  57         #include <sys/wait.h>
  58         #include <sys/time.h>
  59         #include <sys/resource.h>
  60         #include <sys/types.h>
  61         #include <sys/stat.h>
  62         #include <unistd.h>
  63
  64         #ifdef USE_READLINE
  65                 #include <readline/readline.h>
  66                 #include <readline/history.h>
  67         #endif
  68
  69 #else
  70         #include <conio.h> //allows unbuffered screen capture from stdin
  71         #include <direct.h> //get cwd
  72         #include <windows.h>
  73         #include <psapi.h>
  74         #include <direct.h>
  75         #include <tchar.h>
  76
  77 #endif
  78
  79 using namespace std;
  80
  81 #define exp(x) (exp((double) x))
  82 #define sqrt(x) (sqrt((double) x))
  83 #define log10(x) (log10((double) x))
  84 #define log2(x) (log10(x)/log10(2))
  85 #define isnan(x) ((x) != (x))
  86 #define isinf(x) (fabs(x) == std::numeric_limits<double>::infinity())
  87
  88 typedef unsigned long ull;
  89
  90 struct IntNode {
  91         int lvalue;
  92         int rvalue;
  93         int lcoef;
  94         int rcoef;
  95         IntNode* left;
  96         IntNode* right;
  97
  98         IntNode(int lv, int rv, IntNode* l, IntNode* r) : lvalue(lv), rvalue(rv), left(l), right(r) {};
  99         IntNode() {};
 100 };
 101
 102 struct ThreadNode {
 103         int* pid;
 104         IntNode* left;
 105         IntNode* right;
 106 };
 107
 108 /************************************************************/
 109 struct clusterNode {
 110         int numSeq;
 111         int parent;
 112         int smallChild; //used to make linkTable work with list and rabund. represents bin number of this cluster node
 113         clusterNode(int num, int par, int kid) : numSeq(num), parent(par), smallChild(kid) {};
 114 };
 115 /************************************************************/
 116 struct seqDist {
 117         int seq1;
 118         int seq2;
 119         float dist;
 120         seqDist() {}
 121         seqDist(int s1, int s2, float d) : seq1(s1), seq2(s2), dist(d) {}
 122         ~seqDist() {}
 123 };
 124 /************************************************************/
 125 struct distlinePair {
 126         int start;
 127         int end;
 128
 129 };
 130 /************************************************************/
 131 struct seqPriorityNode {
 132         int numIdentical;
 133         string seq;
 134         string name;
 135         seqPriorityNode() {}
 136         seqPriorityNode(int n, string s, string nm) : numIdentical(n), seq(s), name(nm) {}
 137         ~seqPriorityNode() {}
 138 };
 139 /***************************************************************/
 140 struct spearmanRank {
 141         string name;
 142         float score;
 143
 144         spearmanRank(string n, float s) : name(n), score(s) {}
 145 };
 146 //********************************************************************************************************************
 147 //sorts highest to lowest
 148 inline bool compareSpearman(spearmanRank left, spearmanRank right){
 149         return (left.score > right.score);
 150 }
 151 //********************************************************************************************************************
 152 //sorts highest to lowest
 153 inline bool compareSeqPriorityNodes(seqPriorityNode left, seqPriorityNode right){
 154         return (left.numIdentical > right.numIdentical);
 155 }
 156 //********************************************************************************************************************
 157 //sorts lowest to highest
 158 inline bool compareSpearmanReverse(spearmanRank left, spearmanRank right){
 159         return (left.score < right.score);
 160 }
 161 /************************************************************/
 162 //sorts lowest to highest
 163 inline bool compareDistLinePairs(distlinePair left, distlinePair right){
 164         return (left.end < right.end);
 165 }
 166 //********************************************************************************************************************
 167 //sorts lowest to highest
 168 inline bool compareSequenceDistance(seqDist left, seqDist right){
 169         return (left.dist < right.dist);
 170 }
 171 /***********************************************************************/
 172
 173 // snagged from http://www.parashift.com/c++-faq-lite/misc-technical-issues.html#faq-39.2
 174 // works for now, but there should be a way to do it without killing the whole program
 175
 176 class BadConversion : public runtime_error {
 177 public:
 178         BadConversion(const string& s) : runtime_error(s){ }
 179 };
 180
 181 //**********************************************************************************************************************
 182 template<typename T>
 183 void convert(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 184
 185                 istringstream i(s);
 186                 char c;
 187                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 188                         throw BadConversion(s);
 189
 190 }
 191
 192 //**********************************************************************************************************************
 193
 194 template<typename T>
 195 bool convertTestFloat(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 196
 197                 istringstream i(s);
 198                 char c;
 199                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 200                 {
 201                         return false;
 202                 }
 203                 return true;
 204
 205 }
 206
 207 //**********************************************************************************************************************
 208
 209 template<typename T>
 210 bool convertTest(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 211
 212                 istringstream i(s);
 213                 char c;
 214                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 215                 {
 216                         return false;
 217                 }
 218                 return true;
 219
 220 }
 221 //**********************************************************************************************************************
 222 template<typename T>
 223 string toString(const T&x){
 224
 225                 stringstream output;
 226                 output << x;
 227                 return output.str();
 228
 229 }
 230
 231 //**********************************************************************************************************************
 232
 233 template<typename T>
 234 string toHex(const T&x){
 235
 236                 stringstream output;
 237
 238                 output << hex << x;
 239
 240                 return output.str();
 241
 242 }
 243 //**********************************************************************************************************************
 244
 245 template<typename T>
 246 string toString(const T&x, int i){
 247
 248                 stringstream output;
 249
 250                 output.precision(i);
 251                 output << fixed << x;
 252
 253                 return output.str();
 254
 255 }
 256 //**********************************************************************************************************************
 257
 258 template<class T>
 259 T fromString(const string& s){
 260         istringstream stream (s);
 261         T t;
 262         stream >> t;
 263         return t;
 264 }
 265
 266 //**********************************************************************************************************************
 267
 268 #endif
 269