mothur.h

   1 #ifndef MOTHUR_H
   2 #define MOTHUR_H
   3
   4
   5
   6 /*
   7  *  mothur.h
   8  *  Mothur
   9  *
  10  *  Created by Sarah Westcott on 2/19/09.
  11  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  12  *
  13  */
  14
  15 /* This file contains all the standard incudes we use in the project as well as some common utilities. */
  16
  17 //#include <cstddef>
  18
  19 //io libraries
  20 #include <iostream>
  21 #include <iomanip>
  22 #include <fstream>
  23 #include <sstream>
  24 #include <signal.h>
  25
  26
  27 //exception
  28 #include <stdexcept>
  29 #include <exception>
  30 #include <cstdlib>
  31
  32
  33 //containers
  34 #include <vector>
  35 #include <set>
  36 #include <map>
  37 #include <string>
  38 #include <list>
  39 #include <string.h>
  40
  41 //math
  42 #include <cmath>
  43 #include <math.h>
  44 #include <algorithm>
  45
  46 //misc
  47 #include <cerrno>
  48 #include <ctime>
  49 #include <limits>
  50
  51 #ifdef USE_MPI
  52         #include "mpi.h"
  53 #endif
  54 /***********************************************************************/
  55
  56 #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
  57         #include <sys/wait.h>
  58         #include <sys/time.h>
  59         #include <sys/resource.h>
  60         #include <sys/types.h>
  61         #include <sys/stat.h>
  62         #include <unistd.h>
  63
  64         #ifdef USE_READLINE
  65                 #include <readline/readline.h>
  66                 #include <readline/history.h>
  67         #endif
  68
  69 #else
  70         #include <conio.h> //allows unbuffered screen capture from stdin
  71         #include <direct.h> //get cwd
  72         #include <windows.h>
  73         #include <psapi.h>
  74         #include <direct.h>
  75         #include <tchar.h>
  76
  77 #endif
  78
  79 using namespace std;
  80
  81 #define exp(x) (exp((double) x))
  82 #define sqrt(x) (sqrt((double) x))
  83 #define log10(x) (log10((double) x))
  84 #define log2(x) (log10(x)/log10(2))
  85 #define isnan(x) ((x) != (x))
  86 #define isinf(x) (fabs(x) == std::numeric_limits<double>::infinity())
  87
  88
  89 typedef unsigned long ull;
  90
  91 struct IntNode {
  92         int lvalue;
  93         int rvalue;
  94         int lcoef;
  95         int rcoef;
  96         IntNode* left;
  97         IntNode* right;
  98
  99         IntNode(int lv, int rv, IntNode* l, IntNode* r) : lvalue(lv), rvalue(rv), left(l), right(r) {};
 100         IntNode() {};
 101 };
 102
 103 struct ThreadNode {
 104         int* pid;
 105         IntNode* left;
 106         IntNode* right;
 107 };
 108
 109 /************************************************************/
 110 struct clusterNode {
 111         int numSeq;
 112         int parent;
 113         int smallChild; //used to make linkTable work with list and rabund. represents bin number of this cluster node
 114         clusterNode(int num, int par, int kid) : numSeq(num), parent(par), smallChild(kid) {};
 115 };
 116 /************************************************************/
 117 struct seqDist {
 118         int seq1;
 119         int seq2;
 120         float dist;
 121         seqDist() {}
 122         seqDist(int s1, int s2, float d) : seq1(s1), seq2(s2), dist(d) {}
 123         ~seqDist() {}
 124 };
 125 /************************************************************/
 126 struct distlinePair {
 127         int start;
 128         int end;
 129
 130 };
 131 /************************************************************/
 132 struct seqPriorityNode {
 133         int numIdentical;
 134         string seq;
 135         string name;
 136         seqPriorityNode() {}
 137         seqPriorityNode(int n, string s, string nm) : numIdentical(n), seq(s), name(nm) {}
 138         ~seqPriorityNode() {}
 139 };
 140 /***************************************************************/
 141 struct spearmanRank {
 142         string name;
 143         float score;
 144
 145         spearmanRank(string n, float s) : name(n), score(s) {}
 146 };
 147 //********************************************************************************************************************
 148 //sorts highest to lowest
 149 inline bool compareSpearman(spearmanRank left, spearmanRank right){
 150         return (left.score > right.score);
 151 }
 152 //********************************************************************************************************************
 153 //sorts highest to lowest
 154 inline bool compareSeqPriorityNodes(seqPriorityNode left, seqPriorityNode right){
 155         return (left.numIdentical > right.numIdentical);
 156 }
 157 //********************************************************************************************************************
 158 //sorts lowest to highest
 159 inline bool compareSpearmanReverse(spearmanRank left, spearmanRank right){
 160         return (left.score < right.score);
 161 }
 162 /************************************************************/
 163 //sorts lowest to highest
 164 inline bool compareDistLinePairs(distlinePair left, distlinePair right){
 165         return (left.end < right.end);
 166 }
 167 //********************************************************************************************************************
 168 //sorts lowest to highest
 169 inline bool compareSequenceDistance(seqDist left, seqDist right){
 170         return (left.dist < right.dist);
 171 }
 172 /***********************************************************************/
 173
 174 // snagged from http://www.parashift.com/c++-faq-lite/misc-technical-issues.html#faq-39.2
 175 // works for now, but there should be a way to do it without killing the whole program
 176
 177 class BadConversion : public runtime_error {
 178 public:
 179         BadConversion(const string& s) : runtime_error(s){ }
 180 };
 181
 182 //**********************************************************************************************************************
 183 template<typename T>
 184 void convert(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 185
 186                 istringstream i(s);
 187                 char c;
 188                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 189                         throw BadConversion(s);
 190
 191 }
 192
 193 //**********************************************************************************************************************
 194
 195 template<typename T>
 196 bool convertTestFloat(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 197
 198                 istringstream i(s);
 199                 char c;
 200                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 201                 {
 202                         return false;
 203                 }
 204                 return true;
 205
 206 }
 207
 208 //**********************************************************************************************************************
 209
 210 template<typename T>
 211 bool convertTest(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 212
 213                 istringstream i(s);
 214                 char c;
 215                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 216                 {
 217                         return false;
 218                 }
 219                 return true;
 220
 221 }
 222 //**********************************************************************************************************************
 223 template<typename T>
 224 string toString(const T&x){
 225
 226                 stringstream output;
 227                 output << x;
 228                 return output.str();
 229
 230 }
 231
 232 //**********************************************************************************************************************
 233
 234 template<typename T>
 235 string toHex(const T&x){
 236
 237                 stringstream output;
 238
 239                 output << hex << x;
 240
 241                 return output.str();
 242
 243 }
 244 //**********************************************************************************************************************
 245
 246 template<typename T>
 247 string toString(const T&x, int i){
 248
 249                 stringstream output;
 250
 251                 output.precision(i);
 252                 output << fixed << x;
 253
 254                 return output.str();
 255
 256 }
 257 //**********************************************************************************************************************
 258
 259 template<class T>
 260 T fromString(const string& s){
 261         istringstream stream (s);
 262         T t;
 263         stream >> t;
 264         return t;
 265 }
 266
 267 //**********************************************************************************************************************
 268
 269 #endif
 270