mothur.h

   1 #ifndef MOTHUR_H
   2 #define MOTHUR_H
   3
   4
   5
   6 /*
   7  *  mothur.h
   8  *  Mothur
   9  *
  10  *  Created by Sarah Westcott on 2/19/09.
  11  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  12  *
  13  */
  14
  15 /* This file contains all the standard incudes we use in the project as well as some common utilities. */
  16
  17 //#include <cstddef>
  18
  19 //io libraries
  20 #include <iostream>
  21 #include <iomanip>
  22 #include <fstream>
  23 #include <sstream>
  24 #include <signal.h>
  25
  26
  27 //exception
  28 #include <stdexcept>
  29 #include <exception>
  30 #include <cstdlib>
  31
  32
  33 //containers
  34 #include <vector>
  35 #include <set>
  36 #include <map>
  37 #include <string>
  38 #include <list>
  39 #include <string.h>
  40
  41 //math
  42 #include <cmath>
  43 #include <math.h>
  44 #include <algorithm>
  45
  46 //misc
  47 #include <cerrno>
  48 #include <ctime>
  49 #include <limits>
  50
  51 #ifdef USE_MPI
  52         #include "mpi.h"
  53 #endif
  54 /***********************************************************************/
  55
  56 #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
  57         #include <sys/wait.h>
  58         #include <sys/time.h>
  59         #include <sys/resource.h>
  60         #include <sys/stat.h>
  61         #include <unistd.h>
  62
  63         #ifdef USE_READLINE
  64                 #include <readline/readline.h>
  65                 #include <readline/history.h>
  66         #endif
  67
  68 #else
  69         #include <conio.h> //allows unbuffered screen capture from stdin
  70         #include <direct.h> //get cwd
  71         #include <windows.h>
  72         #include <psapi.h>
  73
  74 #endif
  75
  76 using namespace std;
  77
  78 #define exp(x) (exp((double) x))
  79 #define sqrt(x) (sqrt((double) x))
  80 #define log10(x) (log10((double) x))
  81 #define log2(x) (log10(x)/log10(2))
  82 #define isnan(x) ((x) != (x))
  83 #define isinf(x) (fabs(x) == std::numeric_limits<double>::infinity())
  84
  85 typedef unsigned long ull;
  86
  87 struct IntNode {
  88         int lvalue;
  89         int rvalue;
  90         int lcoef;
  91         int rcoef;
  92         IntNode* left;
  93         IntNode* right;
  94
  95         IntNode(int lv, int rv, IntNode* l, IntNode* r) : lvalue(lv), rvalue(rv), left(l), right(r) {};
  96         IntNode() {};
  97 };
  98
  99 struct ThreadNode {
 100         int* pid;
 101         IntNode* left;
 102         IntNode* right;
 103 };
 104
 105 /************************************************************/
 106 struct clusterNode {
 107         int numSeq;
 108         int parent;
 109         int smallChild; //used to make linkTable work with list and rabund. represents bin number of this cluster node
 110         clusterNode(int num, int par, int kid) : numSeq(num), parent(par), smallChild(kid) {};
 111 };
 112 /************************************************************/
 113 struct seqDist {
 114         int seq1;
 115         int seq2;
 116         float dist;
 117         seqDist() {}
 118         seqDist(int s1, int s2, float d) : seq1(s1), seq2(s2), dist(d) {}
 119         ~seqDist() {}
 120 };
 121 /************************************************************/
 122 struct distlinePair {
 123         int start;
 124         int end;
 125
 126 };
 127 /************************************************************/
 128 //sorts lowest to highest
 129 inline bool compareDistLinePairs(distlinePair left, distlinePair right){
 130         return (left.end < right.end);
 131 }
 132 //********************************************************************************************************************
 133 //sorts lowest to highest
 134 inline bool compareSequenceDistance(seqDist left, seqDist right){
 135         return (left.dist < right.dist);
 136 }
 137 /***********************************************************************/
 138
 139 // snagged from http://www.parashift.com/c++-faq-lite/misc-technical-issues.html#faq-39.2
 140 // works for now, but there should be a way to do it without killing the whole program
 141
 142 class BadConversion : public runtime_error {
 143 public:
 144         BadConversion(const string& s) : runtime_error(s){ }
 145 };
 146
 147 //**********************************************************************************************************************
 148 template<typename T>
 149 void convert(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 150
 151                 istringstream i(s);
 152                 char c;
 153                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 154                         throw BadConversion(s);
 155
 156 }
 157
 158 //**********************************************************************************************************************
 159
 160 template<typename T>
 161 bool convertTestFloat(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 162
 163                 istringstream i(s);
 164                 char c;
 165                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 166                 {
 167                         return false;
 168                 }
 169                 return true;
 170
 171 }
 172
 173 //**********************************************************************************************************************
 174
 175 template<typename T>
 176 bool convertTest(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 177
 178                 istringstream i(s);
 179                 char c;
 180                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 181                 {
 182                         return false;
 183                 }
 184                 return true;
 185
 186 }
 187 //**********************************************************************************************************************
 188 template<typename T>
 189 string toString(const T&x){
 190
 191                 stringstream output;
 192                 output << x;
 193                 return output.str();
 194
 195 }
 196
 197 //**********************************************************************************************************************
 198
 199 template<typename T>
 200 string toHex(const T&x){
 201
 202                 stringstream output;
 203
 204                 output << hex << x;
 205
 206                 return output.str();
 207
 208 }
 209 //**********************************************************************************************************************
 210
 211 template<typename T>
 212 string toString(const T&x, int i){
 213
 214                 stringstream output;
 215
 216                 output.precision(i);
 217                 output << fixed << x;
 218
 219                 return output.str();
 220
 221 }
 222 //**********************************************************************************************************************
 223
 224 #endif
 225