mothur.h

   1 #ifndef MOTHUR_H
   2 #define MOTHUR_H
   3
   4
   5
   6 /*
   7  *  mothur.h
   8  *  Mothur
   9  *
  10  *  Created by Sarah Westcott on 2/19/09.
  11  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  12  *
  13  */
  14
  15 /* This file contains all the standard incudes we use in the project as well as some common utilities. */
  16
  17 //#include <cstddef>
  18
  19 //io libraries
  20 #include <iostream>
  21 #include <iomanip>
  22 #include <fstream>
  23 #include <sstream>
  24 #include <signal.h>
  25
  26
  27 //exception
  28 #include <stdexcept>
  29 #include <exception>
  30 #include <cstdlib>
  31
  32
  33 //containers
  34 #include <vector>
  35 #include <set>
  36 #include <map>
  37 #include <string>
  38 #include <list>
  39
  40 //math
  41 #include <cmath>
  42 #include <math.h>
  43 #include <algorithm>
  44
  45 //misc
  46 #include <cerrno>
  47 #include <ctime>
  48 #include <limits>
  49
  50 #ifdef USE_MPI
  51         #include "mpi.h"
  52 #endif
  53 /***********************************************************************/
  54
  55 #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
  56         #include <sys/wait.h>
  57         #include <sys/time.h>
  58         #include <sys/resource.h>
  59         #include <sys/stat.h>
  60         #include <unistd.h>
  61
  62         #ifdef USE_READLINE
  63                 #include <readline/readline.h>
  64                 #include <readline/history.h>
  65         #endif
  66
  67 #else
  68         #include <conio.h> //allows unbuffered screen capture from stdin
  69         #include <direct.h> //get cwd
  70         #include <windows.h>
  71         #include <psapi.h>
  72
  73 #endif
  74
  75 using namespace std;
  76
  77 #define exp(x) (exp((double) x))
  78 #define sqrt(x) (sqrt((double) x))
  79 #define log10(x) (log10((double) x))
  80 #define log2(x) (log10(x)/log10(2))
  81 #define isnan(x) ((x) != (x))
  82 #define isinf(x) (fabs(x) == std::numeric_limits<double>::infinity())
  83
  84 typedef unsigned long ull;
  85
  86 struct IntNode {
  87         int lvalue;
  88         int rvalue;
  89         int lcoef;
  90         int rcoef;
  91         IntNode* left;
  92         IntNode* right;
  93
  94         IntNode(int lv, int rv, IntNode* l, IntNode* r) : lvalue(lv), rvalue(rv), left(l), right(r) {};
  95         IntNode() {};
  96 };
  97
  98 struct ThreadNode {
  99         int* pid;
 100         IntNode* left;
 101         IntNode* right;
 102 };
 103
 104 /************************************************************/
 105 struct clusterNode {
 106         int numSeq;
 107         int parent;
 108         int smallChild; //used to make linkTable work with list and rabund. represents bin number of this cluster node
 109         clusterNode(int num, int par, int kid) : numSeq(num), parent(par), smallChild(kid) {};
 110 };
 111 /************************************************************/
 112 struct seqDist {
 113         int seq1;
 114         int seq2;
 115         float dist;
 116         seqDist() {}
 117         seqDist(int s1, int s2, float d) : seq1(s1), seq2(s2), dist(d) {}
 118         ~seqDist() {}
 119 };
 120 /************************************************************/
 121 struct distlinePair {
 122         int start;
 123         int end;
 124
 125 };
 126 /************************************************************/
 127 //sorts lowest to highest
 128 inline bool compareDistLinePairs(distlinePair left, distlinePair right){
 129         return (left.end < right.end);
 130 }
 131 //********************************************************************************************************************
 132 //sorts lowest to highest
 133 inline bool compareSequenceDistance(seqDist left, seqDist right){
 134         return (left.dist < right.dist);
 135 }
 136 /***********************************************************************/
 137
 138 // snagged from http://www.parashift.com/c++-faq-lite/misc-technical-issues.html#faq-39.2
 139 // works for now, but there should be a way to do it without killing the whole program
 140
 141 class BadConversion : public runtime_error {
 142 public:
 143         BadConversion(const string& s) : runtime_error(s){ }
 144 };
 145
 146 //**********************************************************************************************************************
 147 template<typename T>
 148 void convert(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 149
 150                 istringstream i(s);
 151                 char c;
 152                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 153                         throw BadConversion(s);
 154
 155 }
 156
 157 //**********************************************************************************************************************
 158
 159 template<typename T>
 160 bool convertTestFloat(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 161
 162                 istringstream i(s);
 163                 char c;
 164                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 165                 {
 166                         return false;
 167                 }
 168                 return true;
 169
 170 }
 171
 172 //**********************************************************************************************************************
 173
 174 template<typename T>
 175 bool convertTest(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 176
 177                 istringstream i(s);
 178                 char c;
 179                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 180                 {
 181                         return false;
 182                 }
 183                 return true;
 184
 185 }
 186 //**********************************************************************************************************************
 187 template<typename T>
 188 string toString(const T&x){
 189
 190                 stringstream output;
 191                 output << x;
 192                 return output.str();
 193
 194 }
 195
 196 //**********************************************************************************************************************
 197
 198 template<typename T>
 199 string toHex(const T&x){
 200
 201                 stringstream output;
 202
 203                 output << hex << x;
 204
 205                 return output.str();
 206
 207 }
 208 //**********************************************************************************************************************
 209
 210 template<typename T>
 211 string toString(const T&x, int i){
 212
 213                 stringstream output;
 214
 215                 output.precision(i);
 216                 output << fixed << x;
 217
 218                 return output.str();
 219
 220 }
 221 //**********************************************************************************************************************
 222
 223 #endif
 224