mothur.h

   1 #ifndef MOTHUR_H
   2 #define MOTHUR_H
   3
   4
   5
   6 /*
   7  *  mothur.h
   8  *  Mothur
   9  *
  10  *  Created by Sarah Westcott on 2/19/09.
  11  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  12  *
  13  */
  14
  15 /* This file contains all the standard incudes we use in the project as well as some common utilities. */
  16
  17 //#include <cstddef>
  18
  19 //io libraries
  20 #include <iostream>
  21 #include <iomanip>
  22 #include <fstream>
  23 #include <sstream>
  24 #include <signal.h>
  25
  26
  27 //exception
  28 #include <stdexcept>
  29 #include <exception>
  30 #include <cstdlib>
  31
  32
  33 //containers
  34 #include <vector>
  35 #include <set>
  36 #include <map>
  37 #include <string>
  38 #include <list>
  39 #include <string.h>
  40
  41 //math
  42 #include <cmath>
  43 #include <math.h>
  44 #include <algorithm>
  45
  46 //misc
  47 #include <cerrno>
  48 #include <ctime>
  49 #include <limits>
  50
  51 #ifdef USE_MPI
  52         #include "mpi.h"
  53 #endif
  54 /***********************************************************************/
  55
  56 #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
  57         #include <sys/wait.h>
  58         #include <sys/time.h>
  59         #include <sys/resource.h>
  60         #include <sys/types.h>
  61         #include <sys/stat.h>
  62         #include <unistd.h>
  63
  64         #ifdef USE_READLINE
  65                 #include <readline/readline.h>
  66                 #include <readline/history.h>
  67         #endif
  68
  69 #else
  70         #include <conio.h> //allows unbuffered screen capture from stdin
  71         #include <direct.h> //get cwd
  72         #include <windows.h>
  73         #include <psapi.h>
  74         #include <direct.h>
  75 #endif
  76
  77 using namespace std;
  78
  79 #define exp(x) (exp((double) x))
  80 #define sqrt(x) (sqrt((double) x))
  81 #define log10(x) (log10((double) x))
  82 #define log2(x) (log10(x)/log10(2))
  83 #define isnan(x) ((x) != (x))
  84 #define isinf(x) (fabs(x) == std::numeric_limits<double>::infinity())
  85
  86 typedef unsigned long ull;
  87
  88 struct IntNode {
  89         int lvalue;
  90         int rvalue;
  91         int lcoef;
  92         int rcoef;
  93         IntNode* left;
  94         IntNode* right;
  95
  96         IntNode(int lv, int rv, IntNode* l, IntNode* r) : lvalue(lv), rvalue(rv), left(l), right(r) {};
  97         IntNode() {};
  98 };
  99
 100 struct ThreadNode {
 101         int* pid;
 102         IntNode* left;
 103         IntNode* right;
 104 };
 105
 106 /************************************************************/
 107 struct clusterNode {
 108         int numSeq;
 109         int parent;
 110         int smallChild; //used to make linkTable work with list and rabund. represents bin number of this cluster node
 111         clusterNode(int num, int par, int kid) : numSeq(num), parent(par), smallChild(kid) {};
 112 };
 113 /************************************************************/
 114 struct seqDist {
 115         int seq1;
 116         int seq2;
 117         float dist;
 118         seqDist() {}
 119         seqDist(int s1, int s2, float d) : seq1(s1), seq2(s2), dist(d) {}
 120         ~seqDist() {}
 121 };
 122 /************************************************************/
 123 struct distlinePair {
 124         int start;
 125         int end;
 126
 127 };
 128 /************************************************************/
 129 struct seqPriorityNode {
 130         int numIdentical;
 131         string seq;
 132         string name;
 133         seqPriorityNode() {}
 134         seqPriorityNode(int n, string s, string nm) : numIdentical(n), seq(s), name(nm) {}
 135         ~seqPriorityNode() {}
 136 };
 137 /***************************************************************/
 138 struct spearmanRank {
 139         string name;
 140         float score;
 141
 142         spearmanRank(string n, float s) : name(n), score(s) {}
 143 };
 144 //********************************************************************************************************************
 145 //sorts highest to lowest
 146 inline bool compareSpearman(spearmanRank left, spearmanRank right){
 147         return (left.score > right.score);
 148 }
 149 //********************************************************************************************************************
 150 //sorts highest to lowest
 151 inline bool compareSeqPriorityNodes(seqPriorityNode left, seqPriorityNode right){
 152         return (left.numIdentical > right.numIdentical);
 153 }
 154 //********************************************************************************************************************
 155 //sorts lowest to highest
 156 inline bool compareSpearmanReverse(spearmanRank left, spearmanRank right){
 157         return (left.score < right.score);
 158 }
 159 /************************************************************/
 160 //sorts lowest to highest
 161 inline bool compareDistLinePairs(distlinePair left, distlinePair right){
 162         return (left.end < right.end);
 163 }
 164 //********************************************************************************************************************
 165 //sorts lowest to highest
 166 inline bool compareSequenceDistance(seqDist left, seqDist right){
 167         return (left.dist < right.dist);
 168 }
 169 /***********************************************************************/
 170
 171 // snagged from http://www.parashift.com/c++-faq-lite/misc-technical-issues.html#faq-39.2
 172 // works for now, but there should be a way to do it without killing the whole program
 173
 174 class BadConversion : public runtime_error {
 175 public:
 176         BadConversion(const string& s) : runtime_error(s){ }
 177 };
 178
 179 //**********************************************************************************************************************
 180 template<typename T>
 181 void convert(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 182
 183                 istringstream i(s);
 184                 char c;
 185                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 186                         throw BadConversion(s);
 187
 188 }
 189
 190 //**********************************************************************************************************************
 191
 192 template<typename T>
 193 bool convertTestFloat(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 194
 195                 istringstream i(s);
 196                 char c;
 197                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 198                 {
 199                         return false;
 200                 }
 201                 return true;
 202
 203 }
 204
 205 //**********************************************************************************************************************
 206
 207 template<typename T>
 208 bool convertTest(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 209
 210                 istringstream i(s);
 211                 char c;
 212                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 213                 {
 214                         return false;
 215                 }
 216                 return true;
 217
 218 }
 219 //**********************************************************************************************************************
 220 template<typename T>
 221 string toString(const T&x){
 222
 223                 stringstream output;
 224                 output << x;
 225                 return output.str();
 226
 227 }
 228
 229 //**********************************************************************************************************************
 230
 231 template<typename T>
 232 string toHex(const T&x){
 233
 234                 stringstream output;
 235
 236                 output << hex << x;
 237
 238                 return output.str();
 239
 240 }
 241 //**********************************************************************************************************************
 242
 243 template<typename T>
 244 string toString(const T&x, int i){
 245
 246                 stringstream output;
 247
 248                 output.precision(i);
 249                 output << fixed << x;
 250
 251                 return output.str();
 252
 253 }
 254 //**********************************************************************************************************************
 255
 256 template<class T>
 257 T fromString(const string& s){
 258         istringstream stream (s);
 259         T t;
 260         stream >> t;
 261         return t;
 262 }
 263
 264 //**********************************************************************************************************************
 265
 266 #endif
 267