mothur.h

   1 #ifndef MOTHUR_H
   2 #define MOTHUR_H
   3
   4
   5
   6 /*
   7  *  mothur.h
   8  *  Mothur
   9  *
  10  *  Created by Sarah Westcott on 2/19/09.
  11  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  12  *
  13  */
  14
  15 /* This file contains all the standard incudes we use in the project as well as some common utilities. */
  16
  17 //#include <cstddef>
  18
  19 //io libraries
  20 #include <iostream>
  21 #include <iomanip>
  22 #include <fstream>
  23 #include <sstream>
  24 #include <signal.h>
  25
  26
  27 //exception
  28 #include <stdexcept>
  29 #include <exception>
  30 #include <cstdlib>
  31
  32
  33 //containers
  34 #include <vector>
  35 #include <set>
  36 #include <map>
  37 #include <string>
  38 #include <list>
  39 #include <string.h>
  40
  41 //math
  42 #include <cmath>
  43 #include <math.h>
  44 #include <algorithm>
  45
  46 //misc
  47 #include <cerrno>
  48 #include <ctime>
  49 #include <limits>
  50
  51 #ifdef USE_MPI
  52         #include "mpi.h"
  53 #endif
  54 /***********************************************************************/
  55
  56 #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
  57         #include <sys/wait.h>
  58         #include <sys/time.h>
  59         #include <sys/resource.h>
  60         #include <sys/stat.h>
  61         #include <unistd.h>
  62
  63         #ifdef USE_READLINE
  64                 #include <readline/readline.h>
  65                 #include <readline/history.h>
  66         #endif
  67
  68 #else
  69         #include <conio.h> //allows unbuffered screen capture from stdin
  70         #include <direct.h> //get cwd
  71         #include <windows.h>
  72         #include <psapi.h>
  73
  74 #endif
  75
  76 using namespace std;
  77
  78 #define exp(x) (exp((double) x))
  79 #define sqrt(x) (sqrt((double) x))
  80 #define log10(x) (log10((double) x))
  81 #define log2(x) (log10(x)/log10(2))
  82 #define isnan(x) ((x) != (x))
  83 #define isinf(x) (fabs(x) == std::numeric_limits<double>::infinity())
  84
  85 typedef unsigned long ull;
  86
  87 struct IntNode {
  88         int lvalue;
  89         int rvalue;
  90         int lcoef;
  91         int rcoef;
  92         IntNode* left;
  93         IntNode* right;
  94
  95         IntNode(int lv, int rv, IntNode* l, IntNode* r) : lvalue(lv), rvalue(rv), left(l), right(r) {};
  96         IntNode() {};
  97 };
  98
  99 struct ThreadNode {
 100         int* pid;
 101         IntNode* left;
 102         IntNode* right;
 103 };
 104
 105 /************************************************************/
 106 struct clusterNode {
 107         int numSeq;
 108         int parent;
 109         int smallChild; //used to make linkTable work with list and rabund. represents bin number of this cluster node
 110         clusterNode(int num, int par, int kid) : numSeq(num), parent(par), smallChild(kid) {};
 111 };
 112 /************************************************************/
 113 struct seqDist {
 114         int seq1;
 115         int seq2;
 116         float dist;
 117         seqDist() {}
 118         seqDist(int s1, int s2, float d) : seq1(s1), seq2(s2), dist(d) {}
 119         ~seqDist() {}
 120 };
 121 /************************************************************/
 122 struct distlinePair {
 123         int start;
 124         int end;
 125
 126 };
 127 /***************************************************************/
 128 struct spearmanRank {
 129         string name;
 130         float score;
 131
 132         spearmanRank(string n, float s) : name(n), score(s) {}
 133 };
 134 //********************************************************************************************************************
 135 //sorts highest to lowest
 136 inline bool compareSpearman(spearmanRank left, spearmanRank right){
 137         return (left.score > right.score);
 138 }
 139 //********************************************************************************************************************
 140 //sorts lowest to highest
 141 inline bool compareSpearmanReverse(spearmanRank left, spearmanRank right){
 142         return (left.score < right.score);
 143 }
 144 /************************************************************/
 145 //sorts lowest to highest
 146 inline bool compareDistLinePairs(distlinePair left, distlinePair right){
 147         return (left.end < right.end);
 148 }
 149 //********************************************************************************************************************
 150 //sorts lowest to highest
 151 inline bool compareSequenceDistance(seqDist left, seqDist right){
 152         return (left.dist < right.dist);
 153 }
 154 /***********************************************************************/
 155
 156 // snagged from http://www.parashift.com/c++-faq-lite/misc-technical-issues.html#faq-39.2
 157 // works for now, but there should be a way to do it without killing the whole program
 158
 159 class BadConversion : public runtime_error {
 160 public:
 161         BadConversion(const string& s) : runtime_error(s){ }
 162 };
 163
 164 //**********************************************************************************************************************
 165 template<typename T>
 166 void convert(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 167
 168                 istringstream i(s);
 169                 char c;
 170                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 171                         throw BadConversion(s);
 172
 173 }
 174
 175 //**********************************************************************************************************************
 176
 177 template<typename T>
 178 bool convertTestFloat(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 179
 180                 istringstream i(s);
 181                 char c;
 182                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 183                 {
 184                         return false;
 185                 }
 186                 return true;
 187
 188 }
 189
 190 //**********************************************************************************************************************
 191
 192 template<typename T>
 193 bool convertTest(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 194
 195                 istringstream i(s);
 196                 char c;
 197                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 198                 {
 199                         return false;
 200                 }
 201                 return true;
 202
 203 }
 204 //**********************************************************************************************************************
 205 template<typename T>
 206 string toString(const T&x){
 207
 208                 stringstream output;
 209                 output << x;
 210                 return output.str();
 211
 212 }
 213
 214 //**********************************************************************************************************************
 215
 216 template<typename T>
 217 string toHex(const T&x){
 218
 219                 stringstream output;
 220
 221                 output << hex << x;
 222
 223                 return output.str();
 224
 225 }
 226 //**********************************************************************************************************************
 227
 228 template<typename T>
 229 string toString(const T&x, int i){
 230
 231                 stringstream output;
 232
 233                 output.precision(i);
 234                 output << fixed << x;
 235
 236                 return output.str();
 237
 238 }
 239 //**********************************************************************************************************************
 240
 241 #endif
 242