mothur.h

   1 #ifndef MOTHUR_H
   2 #define MOTHUR_H
   3
   4
   5
   6 /*
   7  *  mothur.h
   8  *  Mothur
   9  *
  10  *  Created by Sarah Westcott on 2/19/09.
  11  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  12  *
  13  */
  14
  15 /* This file contains all the standard incudes we use in the project as well as some common utilities. */
  16
  17 //#include <cstddef>
  18
  19 //io libraries
  20 #include <iostream>
  21 #include <iomanip>
  22 #include <fstream>
  23 #include <sstream>
  24 #include <signal.h>
  25
  26
  27 //exception
  28 #include <stdexcept>
  29 #include <exception>
  30 #include <cstdlib>
  31
  32
  33 //containers
  34 #include <vector>
  35 #include <set>
  36 #include <map>
  37 #include <string>
  38 #include <list>
  39 #include <string.h>
  40
  41 //math
  42 #include <cmath>
  43 #include <math.h>
  44 #include <algorithm>
  45
  46 //misc
  47 #include <cerrno>
  48 #include <ctime>
  49 #include <limits>
  50
  51 #ifdef USE_MPI
  52         #include "mpi.h"
  53 #endif
  54 /***********************************************************************/
  55
  56 #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
  57         #include <sys/wait.h>
  58         #include <sys/time.h>
  59         #include <sys/resource.h>
  60         #include <sys/types.h>
  61         #include <sys/stat.h>
  62         #include <unistd.h>
  63
  64         #ifdef USE_READLINE
  65                 #include <readline/readline.h>
  66                 #include <readline/history.h>
  67         #endif
  68
  69 #else
  70         #include <conio.h> //allows unbuffered screen capture from stdin
  71         #include <direct.h> //get cwd
  72         #include <windows.h>
  73         #include <psapi.h>
  74         #include <direct.h>
  75 #endif
  76
  77 using namespace std;
  78
  79 #define exp(x) (exp((double) x))
  80 #define sqrt(x) (sqrt((double) x))
  81 #define log10(x) (log10((double) x))
  82 #define log2(x) (log10(x)/log10(2))
  83 #define isnan(x) ((x) != (x))
  84 #define isinf(x) (fabs(x) == std::numeric_limits<double>::infinity())
  85
  86 typedef unsigned long ull;
  87
  88 struct IntNode {
  89         int lvalue;
  90         int rvalue;
  91         int lcoef;
  92         int rcoef;
  93         IntNode* left;
  94         IntNode* right;
  95
  96         IntNode(int lv, int rv, IntNode* l, IntNode* r) : lvalue(lv), rvalue(rv), left(l), right(r) {};
  97         IntNode() {};
  98 };
  99
 100 struct ThreadNode {
 101         int* pid;
 102         IntNode* left;
 103         IntNode* right;
 104 };
 105
 106 /************************************************************/
 107 struct clusterNode {
 108         int numSeq;
 109         int parent;
 110         int smallChild; //used to make linkTable work with list and rabund. represents bin number of this cluster node
 111         clusterNode(int num, int par, int kid) : numSeq(num), parent(par), smallChild(kid) {};
 112 };
 113 /************************************************************/
 114 struct seqDist {
 115         int seq1;
 116         int seq2;
 117         float dist;
 118         seqDist() {}
 119         seqDist(int s1, int s2, float d) : seq1(s1), seq2(s2), dist(d) {}
 120         ~seqDist() {}
 121 };
 122 /************************************************************/
 123 struct distlinePair {
 124         int start;
 125         int end;
 126
 127 };
 128 /***************************************************************/
 129 struct spearmanRank {
 130         string name;
 131         float score;
 132
 133         spearmanRank(string n, float s) : name(n), score(s) {}
 134 };
 135 //********************************************************************************************************************
 136 //sorts highest to lowest
 137 inline bool compareSpearman(spearmanRank left, spearmanRank right){
 138         return (left.score > right.score);
 139 }
 140 //********************************************************************************************************************
 141 //sorts lowest to highest
 142 inline bool compareSpearmanReverse(spearmanRank left, spearmanRank right){
 143         return (left.score < right.score);
 144 }
 145 /************************************************************/
 146 //sorts lowest to highest
 147 inline bool compareDistLinePairs(distlinePair left, distlinePair right){
 148         return (left.end < right.end);
 149 }
 150 //********************************************************************************************************************
 151 //sorts lowest to highest
 152 inline bool compareSequenceDistance(seqDist left, seqDist right){
 153         return (left.dist < right.dist);
 154 }
 155 /***********************************************************************/
 156
 157 // snagged from http://www.parashift.com/c++-faq-lite/misc-technical-issues.html#faq-39.2
 158 // works for now, but there should be a way to do it without killing the whole program
 159
 160 class BadConversion : public runtime_error {
 161 public:
 162         BadConversion(const string& s) : runtime_error(s){ }
 163 };
 164
 165 //**********************************************************************************************************************
 166 template<typename T>
 167 void convert(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 168
 169                 istringstream i(s);
 170                 char c;
 171                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 172                         throw BadConversion(s);
 173
 174 }
 175
 176 //**********************************************************************************************************************
 177
 178 template<typename T>
 179 bool convertTestFloat(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 180
 181                 istringstream i(s);
 182                 char c;
 183                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 184                 {
 185                         return false;
 186                 }
 187                 return true;
 188
 189 }
 190
 191 //**********************************************************************************************************************
 192
 193 template<typename T>
 194 bool convertTest(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 195
 196                 istringstream i(s);
 197                 char c;
 198                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 199                 {
 200                         return false;
 201                 }
 202                 return true;
 203
 204 }
 205 //**********************************************************************************************************************
 206 template<typename T>
 207 string toString(const T&x){
 208
 209                 stringstream output;
 210                 output << x;
 211                 return output.str();
 212
 213 }
 214
 215 //**********************************************************************************************************************
 216
 217 template<typename T>
 218 string toHex(const T&x){
 219
 220                 stringstream output;
 221
 222                 output << hex << x;
 223
 224                 return output.str();
 225
 226 }
 227 //**********************************************************************************************************************
 228
 229 template<typename T>
 230 string toString(const T&x, int i){
 231
 232                 stringstream output;
 233
 234                 output.precision(i);
 235                 output << fixed << x;
 236
 237                 return output.str();
 238
 239 }
 240 //**********************************************************************************************************************
 241
 242 template<class T>
 243 T fromString(const string& s){
 244         istringstream stream (s);
 245         T t;
 246         stream >> t;
 247         return t;
 248 }
 249
 250 //**********************************************************************************************************************
 251
 252 #endif
 253