mothur.h

   1 #ifndef MOTHUR_H
   2 #define MOTHUR_H
   3
   4
   5
   6 /*
   7  *  mothur.h
   8  *  Mothur
   9  *
  10  *  Created by Sarah Westcott on 2/19/09.
  11  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  12  *
  13  */
  14
  15 /* This file contains all the standard incudes we use in the project as well as some common utilities. */
  16
  17 //#include <cstddef>
  18
  19 //io libraries
  20 #include <iostream>
  21 #include <iomanip>
  22 #include <fstream>
  23 #include <sstream>
  24 #include <signal.h>
  25
  26
  27 //exception
  28 #include <stdexcept>
  29 #include <exception>
  30 #include <cstdlib>
  31
  32
  33 //containers
  34 #include <vector>
  35 #include <set>
  36 #include <map>
  37 #include <string>
  38 #include <list>
  39
  40 //math
  41 #include <cmath>
  42 #include <math.h>
  43 #include <algorithm>
  44
  45 //misc
  46 #include <cerrno>
  47 #include <ctime>
  48 #include <limits>
  49
  50 #ifdef USE_MPI
  51         #include "mpi.h"
  52 #endif
  53 /***********************************************************************/
  54
  55 #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
  56         #include <sys/wait.h>
  57         #include <sys/time.h>
  58         #include <sys/resource.h>
  59         #include <unistd.h>
  60
  61         #ifdef USE_READLINE
  62                 #include <readline/readline.h>
  63                 #include <readline/history.h>
  64         #endif
  65
  66 #else
  67         #include <conio.h> //allows unbuffered screen capture from stdin
  68         #include <direct.h> //get cwd
  69         #include <windows.h>
  70         #include <psapi.h>
  71
  72 #endif
  73
  74 using namespace std;
  75
  76 #define exp(x) (exp((double) x))
  77 #define sqrt(x) (sqrt((double) x))
  78 #define log10(x) (log10((double) x))
  79 #define log2(x) (log10(x)/log10(2))
  80 #define isnan(x) ((x) != (x))
  81 #define isinf(x) (fabs(x) == std::numeric_limits<double>::infinity())
  82
  83 typedef unsigned long ull;
  84
  85 struct IntNode {
  86         int lvalue;
  87         int rvalue;
  88         int lcoef;
  89         int rcoef;
  90         IntNode* left;
  91         IntNode* right;
  92
  93         IntNode(int lv, int rv, IntNode* l, IntNode* r) : lvalue(lv), rvalue(rv), left(l), right(r) {};
  94         IntNode() {};
  95 };
  96
  97 struct ThreadNode {
  98         int* pid;
  99         IntNode* left;
 100         IntNode* right;
 101 };
 102
 103 /************************************************************/
 104 struct clusterNode {
 105         int numSeq;
 106         int parent;
 107         int smallChild; //used to make linkTable work with list and rabund. represents bin number of this cluster node
 108         clusterNode(int num, int par, int kid) : numSeq(num), parent(par), smallChild(kid) {};
 109 };
 110 /************************************************************/
 111 struct seqDist {
 112         int seq1;
 113         int seq2;
 114         float dist;
 115         seqDist() {}
 116         seqDist(int s1, int s2, float d) : seq1(s1), seq2(s2), dist(d) {}
 117         ~seqDist() {}
 118 };
 119 /************************************************************/
 120 struct distlinePair {
 121         int start;
 122         int end;
 123
 124 };
 125 /************************************************************/
 126 //sorts lowest to highest
 127 inline bool compareDistLinePairs(distlinePair left, distlinePair right){
 128         return (left.end < right.end);
 129 }
 130 //********************************************************************************************************************
 131 //sorts lowest to highest
 132 inline bool compareSequenceDistance(seqDist left, seqDist right){
 133         return (left.dist < right.dist);
 134 }
 135 /***********************************************************************/
 136
 137 // snagged from http://www.parashift.com/c++-faq-lite/misc-technical-issues.html#faq-39.2
 138 // works for now, but there should be a way to do it without killing the whole program
 139
 140 class BadConversion : public runtime_error {
 141 public:
 142         BadConversion(const string& s) : runtime_error(s){ }
 143 };
 144
 145 //**********************************************************************************************************************
 146 template<typename T>
 147 void convert(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 148
 149                 istringstream i(s);
 150                 char c;
 151                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 152                         throw BadConversion(s);
 153
 154 }
 155
 156 //**********************************************************************************************************************
 157
 158 template<typename T>
 159 bool convertTestFloat(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 160
 161                 istringstream i(s);
 162                 char c;
 163                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 164                 {
 165                         return false;
 166                 }
 167                 return true;
 168
 169 }
 170
 171 //**********************************************************************************************************************
 172
 173 template<typename T>
 174 bool convertTest(const string& s, T& x, bool failIfLeftoverChars = true){
 175
 176                 istringstream i(s);
 177                 char c;
 178                 if (!(i >> x) || (failIfLeftoverChars && i.get(c)))
 179                 {
 180                         return false;
 181                 }
 182                 return true;
 183
 184 }
 185 //**********************************************************************************************************************
 186 template<typename T>
 187 string toString(const T&x){
 188
 189                 stringstream output;
 190                 output << x;
 191                 return output.str();
 192
 193 }
 194
 195 //**********************************************************************************************************************
 196
 197 template<typename T>
 198 string toHex(const T&x){
 199
 200                 stringstream output;
 201
 202                 output << hex << x;
 203
 204                 return output.str();
 205
 206 }
 207 //**********************************************************************************************************************
 208
 209 template<typename T>
 210 string toString(const T&x, int i){
 211
 212                 stringstream output;
 213
 214                 output.precision(i);
 215                 output << fixed << x;
 216
 217                 return output.str();
 218
 219 }
 220 //**********************************************************************************************************************
 221
 222 #endif
 223