mothur.cpp

   1 /*
   2  *  interface.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/14/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "mothur.h"
  11 #include "engine.hpp"
  12 #include "globaldata.hpp"
  13
  14 using namespace std;
  15
  16 /**************************************************************************************************/
  17
  18 GlobalData* GlobalData::_uniqueInstance = 0;
  19
  20 int main(int argc, char *argv[]){
  21         try {
  22                 //srand(54321);
  23                 srand( (unsigned)time( NULL ) );
  24
  25                 Engine* mothur;
  26                 bool bail = 0;
  27
  28                 if(argc>1){
  29                         mothur = new BatchEngine(argv[1]);
  30                 }
  31                 else{
  32                         mothur = new InteractEngine();
  33                 }
  34
  35                 while(bail == 0)                {       bail = mothur->getInput();                      }
  36
  37                 delete mothur;
  38
  39                 return 0;
  40         }
  41         catch(exception& e) {
  42                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the dotur class Function main. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  43                 exit(1);
  44         }
  45         catch(...) {
  46                 cout << "An unknown error has occurred in the dotur class function main. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  47                 exit(1);
  48         }
  49 }
  50
  51 /**************************************************************************************************/
  52