mgclustercommand.h

   1 #ifndef MGCLUSTERCOMMAND_H
   2 #define MGCLUSTERCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  mgclustercommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 12/11/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "readblast.h"
  15 #include "nameassignment.hpp"
  16 #include "cluster.hpp"
  17 #include "hcluster.h"
  18 #include "rabundvector.hpp"
  19 #include "sabundvector.hpp"
  20 #include "counttable.h"
  21
  22 /**********************************************************************/
  23
  24 class MGClusterCommand : public Command {
  25
  26 public:
  27         MGClusterCommand(string);
  28         MGClusterCommand();
  29         ~MGClusterCommand(){}
  30
  31         vector<string> setParameters();
  32         string getCommandName()                 { return "mgcluster";   }
  33         string getCommandCategory()             { return "Clustering";  }
  34
  35         string getHelpString();
  36     string getOutputPattern(string);
  37         string getCitation() { return "Schloss PD, Handelsman J (2008). A statistical toolbox for metagenomics. BMC Bioinformatics 9: 34. \nhttp://www.mothur.org/wiki/Mgcluster"; }
  38         string getDescription()         { return "cluster your sequences into OTUs using a blast file"; }
  39
  40         int execute();
  41         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  42
  43
  44 private:
  45         ReadBlast* read;
  46         NameAssignment* nameMap;
  47         Cluster* cluster;
  48         HCluster* hcluster;
  49         ListVector* list;
  50     CountTable* ct;
  51         ListVector oldList;
  52     RAbundVector rav;
  53         vector<seqDist> overlapMatrix;
  54         vector<string> outputNames;
  55
  56         string blastfile, method, namefile, countfile, overlapFile, distFile, outputDir;
  57         ofstream sabundFile, rabundFile, listFile;
  58         double cutoff;
  59         float penalty, adjust;
  60         int precision, length, precisionLength;
  61         bool abort, minWanted, hclusterWanted, merge, hard, cutoffSet;
  62
  63         void printData(ListVector*);
  64         ListVector* mergeOPFs(map<string, int>, float);
  65         void sortHclusterFiles(string, string);
  66         vector<seqDist> getSeqs(ifstream&);
  67     void createRabund(CountTable*&, ListVector*&, RAbundVector*&);
  68
  69 };
  70
  71 /**********************************************************************/
  72
  73 #endif
  74
  75
  76