mantelcommand.h

   1 #ifndef MANTELCOMMAND_H
   2 #define MANTELCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  mantelcommand.h
   6  *  mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 2/9/11.
   9  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "linearalgebra.h"
  15
  16 class MantelCommand : public Command {
  17 public:
  18         MantelCommand(string);
  19         MantelCommand();
  20         ~MantelCommand(){}
  21
  22         vector<string> setParameters();
  23         string getCommandName()                 { return "mantel";                                      }
  24         string getCommandCategory()             { return "Hypothesis Testing";          }
  25         string getHelpString();
  26         string getCitation() { return "McCune B, Grace JB, Urban DL (2002). Analysis of ecological communities. MjM Software Design: Gleneden Beach, OR. \nLegendre P, Legendre L (1998). Numerical Ecology. Elsevier: New York. \nhttp://www.mothur.org/wiki/Mantel"; }
  27         string getDescription()         { return "mantel"; }
  28
  29         int execute();
  30         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  31
  32 private:
  33
  34         string phylipfile1, phylipfile2, outputDir, method;
  35         bool abort;
  36         int iters;
  37
  38         vector<string> outputNames;
  39 };
  40
  41
  42 #endif
  43
  44
  45