listvector.hpp

   1 #ifndef LIST_H
   2 #define LIST_H
   3
   4 #include "datavector.hpp"
   5 #include <iostream>
   6 #include <map>
   7
   8 /* This class is a child to datavector.  It represents OTU information at a certain distance.
   9         A list vector can be converted into and ordervector, rabundvector or sabundvector.
  10         Each member of the internal container "data" represents an individual OTU.
  11         So data[0] = "a,b,c,d,e,f".
  12         example: listvector             =       a,b,c,d,e,f             g,h,i           j,k             l               m
  13                          rabundvector   =       6                               3                       2               1               1
  14                          sabundvector   =       2               1               1               0               0               1
  15                          ordervector    =       1       1       1       1       1       1       2       2       2       3       3       4       5 */
  16
  17 class ListVector : public DataVector {
  18
  19 public:
  20         ListVector();
  21         ListVector(int);
  22 //      ListVector(const ListVector&);
  23         ListVector(string, vector<string>);
  24         ListVector(const ListVector& lv) : DataVector(lv.label), data(lv.data), maxRank(lv.maxRank), numBins(lv.numBins), numSeqs(lv.numSeqs){};
  25         ListVector(ifstream&);
  26         ~ListVector(){};
  27
  28         int getNumBins()                                                        {       return numBins;         }
  29         int getNumSeqs()                                                        {       return numSeqs;         }
  30         int getMaxRank()                                                        {       return maxRank;         }
  31
  32         void set(int, string);
  33         string get(int);
  34         void push_back(string);
  35         void resize(int);
  36         void clear();
  37         int size();
  38         void print(ostream&);
  39
  40         RAbundVector getRAbundVector();
  41         SAbundVector getSAbundVector();
  42         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  43
  44 private:
  45         vector<string> data;  //data[i] is a list of names of sequences in the ith OTU.
  46         int maxRank;
  47         int numBins;
  48         int numSeqs;
  49
  50 };
  51
  52 #endif