listvector.hpp

   1 #ifndef LIST_H
   2 #define LIST_H
   3
   4 #include <Carbon/Carbon.h>
   5 #include "datavector.hpp"
   6 #include <iostream>
   7 #include <map>
   8
   9 /* This class is a child to datavector.  It represents OTU information at a certain distance.
  10         A list vector can be converted into and ordervector, rabundvector or sabundvector.
  11         Each member of the internal container "data" represents an individual OTU.
  12         So data[0] = "a,b,c,d,e,f".
  13         example: listvector             =       a,b,c,d,e,f             g,h,i           j,k             l               m
  14                          rabundvector   =       6                               3                       2               1               1
  15                          sabundvector   =       2               1               1               0               0               1
  16                          ordervector    =       1       1       1       1       1       1       2       2       2       3       3       4       5 */
  17
  18 class ListVector : public DataVector {
  19
  20 public:
  21         ListVector();
  22         ListVector(int);
  23 //      ListVector(const ListVector&);
  24         ListVector(string, vector<string>);
  25         ListVector(const ListVector& lv) : DataVector(lv.label), data(lv.data), maxRank(lv.maxRank), numBins(lv.numBins), numSeqs(lv.numSeqs){};
  26         ListVector(ifstream&);
  27         ~ListVector(){};
  28
  29         int getNumBins()                                                        {       return numBins;         }
  30         int getNumSeqs()                                                        {       return numSeqs;         }
  31         int getMaxRank()                                                        {       return maxRank;         }
  32
  33         void set(int, string);
  34         string get(int);
  35         void push_back(string);
  36         void resize(int);
  37         void clear();
  38         int size();
  39         void print(ostream&);
  40
  41         RAbundVector getRAbundVector();
  42         SAbundVector getSAbundVector();
  43         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  44
  45 private:
  46         vector<string> data;  //data[i] is a list of names of sequences in the ith OTU.
  47         int maxRank;
  48         int numBins;
  49         int numSeqs;
  50
  51 };
  52
  53 #endif