listvector.hpp

   1 #ifndef LIST_H
   2 #define LIST_H
   3
   4 #include "datavector.hpp"
   5
   6 /*      DataStructure for a list file.
   7         This class is a child to datavector.  It represents OTU information at a certain distance.
   8         A list vector can be converted into and ordervector, rabundvector or sabundvector.
   9         Each member of the internal container "data" represents an individual OTU.
  10         So data[0] = "a,b,c,d,e,f".
  11         example: listvector             =       a,b,c,d,e,f             g,h,i           j,k             l               m
  12                          rabundvector   =       6                               3                       2               1               1
  13                          sabundvector   =       2               1               1               0               0               1
  14                          ordervector    =       1       1       1       1       1       1       2       2       2       3       3       4       5 */
  15
  16 class ListVector : public DataVector {
  17
  18 public:
  19         ListVector();
  20         ListVector(int);
  21 //      ListVector(const ListVector&);
  22         ListVector(string, vector<string>);
  23         ListVector(const ListVector& lv) : DataVector(lv.label), data(lv.data), maxRank(lv.maxRank), numBins(lv.numBins), numSeqs(lv.numSeqs), binLabels(lv.binLabels) {};
  24         ListVector(ifstream&);
  25         ~ListVector(){};
  26
  27         int getNumBins()                                                        {       return numBins;         }
  28         int getNumSeqs()                                                        {       return numSeqs;         }
  29         int getMaxRank()                                                        {       return maxRank;         }
  30
  31         void set(int, string);
  32         string get(int);
  33     vector<string> getLabels();
  34     void setLabels(vector<string>);
  35         void push_back(string);
  36         void resize(int);
  37         void clear();
  38         int size();
  39         void print(ostream&);
  40     void printHeaders(ostream&);
  41
  42         RAbundVector getRAbundVector();
  43         SAbundVector getSAbundVector();
  44         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  45
  46 private:
  47         vector<string> data;  //data[i] is a list of names of sequences in the ith OTU.
  48         int maxRank;
  49         int numBins;
  50         int numSeqs;
  51     vector<string> binLabels;
  52
  53 };
  54
  55 #endif