listvector.hpp

   1 #ifndef LIST_H
   2 #define LIST_H
   3
   4 #include "datavector.hpp"
   5
   6 /* This class is a child to datavector.  It represents OTU information at a certain distance.
   7         A list vector can be converted into and ordervector, rabundvector or sabundvector.
   8         Each member of the internal container "data" represents an individual OTU.
   9         So data[0] = "a,b,c,d,e,f".
  10         example: listvector             =       a,b,c,d,e,f             g,h,i           j,k             l               m
  11                          rabundvector   =       6                               3                       2               1               1
  12                          sabundvector   =       2               1               1               0               0               1
  13                          ordervector    =       1       1       1       1       1       1       2       2       2       3       3       4       5 */
  14
  15 class ListVector : public DataVector {
  16
  17 public:
  18         ListVector();
  19         ListVector(int);
  20 //      ListVector(const ListVector&);
  21         ListVector(string, vector<string>);
  22         ListVector(const ListVector& lv) : DataVector(lv.label), data(lv.data), maxRank(lv.maxRank), numBins(lv.numBins), numSeqs(lv.numSeqs){};
  23         ListVector(ifstream&);
  24         ~ListVector(){};
  25
  26         int getNumBins()                                                        {       return numBins;         }
  27         int getNumSeqs()                                                        {       return numSeqs;         }
  28         int getMaxRank()                                                        {       return maxRank;         }
  29
  30         void set(int, string);
  31         string get(int);
  32         void push_back(string);
  33         void resize(int);
  34         void clear();
  35         int size();
  36         void print(ostream&);
  37
  38         RAbundVector getRAbundVector();
  39         SAbundVector getSAbundVector();
  40         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  41
  42 private:
  43         vector<string> data;  //data[i] is a list of names of sequences in the ith OTU.
  44         int maxRank;
  45         int numBins;
  46         int numSeqs;
  47
  48 };
  49
  50 #endif