listotulabelscommand.h

   1 #ifndef Mothur_listotucommand_h
   2 #define Mothur_listotucommand_h
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   4 //
   5 //  listotucommand.h
   6 //  Mothur
   7 //
   8 //  Created by Sarah Westcott on 5/15/12.
   9 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  10 //
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  13 #include "command.hpp"
  14 #include "sharedrabundvector.h"
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  16 /**************************************************************************************************/
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  18 class ListOtuLabelsCommand : public Command {
  19 public:
  20     ListOtuLabelsCommand(string);
  21     ListOtuLabelsCommand();
  22     ~ListOtuLabelsCommand(){}
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  24     vector<string> setParameters();
  25     string getCommandName()                     { return "list.otulabels";          }
  26     string getCommandCategory()         { return "OTU-Based Approaches";        }
  27     //commmand category choices: Sequence Processing, OTU-Based Approaches, Hypothesis Testing, Phylotype Analysis, General, Clustering and Hidden
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  29         string getHelpString();
  30     string getOutputPattern(string);
  31     string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/List.otulabels"; }
  32     string getDescription()             { return "lists otu labels from shared or relabund file. Can be used by get.otulabels with output from classify.otu, otu.association, or corr.axes to select specific otus."; }
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  34     int execute();
  35     void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
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  37 private:
  38     bool abort, allLines;
  39     string outputDir, sharedfile, relabundfile, label, inputFileName, format;
  40     vector<string> outputNames;
  41     vector<string> Groups;
  42     set<string> labels;
  43
  44     int createList(vector<SharedRAbundFloatVector*>&);
  45     int createList(vector<SharedRAbundVector*>&);
  46
  47 };
  48
  49 /**************************************************************************************************/
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  55
  56 #endif