listotulabelscommand.h

   1 #ifndef Mothur_listotucommand_h
   2 #define Mothur_listotucommand_h
   3
   4 //
   5 //  listotucommand.h
   6 //  Mothur
   7 //
   8 //  Created by Sarah Westcott on 5/15/12.
   9 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  10 //
  11
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "sharedrabundvector.h"
  15 #include "listvector.hpp"
  16
  17 /**************************************************************************************************/
  18
  19 class ListOtuLabelsCommand : public Command {
  20 public:
  21     ListOtuLabelsCommand(string);
  22     ListOtuLabelsCommand();
  23     ~ListOtuLabelsCommand(){}
  24
  25     vector<string> setParameters();
  26     string getCommandName()                     { return "list.otulabels";          }
  27     string getCommandCategory()         { return "OTU-Based Approaches";        }
  28     //commmand category choices: Sequence Processing, OTU-Based Approaches, Hypothesis Testing, Phylotype Analysis, General, Clustering and Hidden
  29
  30         string getHelpString();
  31     string getOutputPattern(string);
  32     string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/List.otulabels"; }
  33     string getDescription()             { return "lists otu labels from shared or relabund file. Can be used by get.otulabels with output from classify.otu, otu.association, or corr.axes to select specific otus."; }
  34
  35     int execute();
  36     void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  37
  38 private:
  39     bool abort, allLines;
  40     string outputDir, sharedfile, relabundfile, label, inputFileName, format, listfile;
  41     vector<string> outputNames;
  42     vector<string> Groups;
  43     set<string> labels;
  44
  45     int createList(vector<SharedRAbundFloatVector*>&);
  46     int createList(vector<SharedRAbundVector*>&);
  47     int createList(ListVector*&);
  48
  49 };
  50
  51 /**************************************************************************************************/
  52
  53
  54
  55
  56
  57
  58 #endif