linearalgebra.h

   1 #ifndef LINEARALGEBRA
   2 #define LINEARALGEBRA
   3
   4 /*
   5  *  linearalgebra.h
   6  *  mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 1/7/11.
   9  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
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  13 #include "mothurout.h"
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  16 class LinearAlgebra {
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  18 public:
  19         LinearAlgebra() { m = MothurOut::getInstance(); }
  20         ~LinearAlgebra() {}
  21
  22         vector<vector<double> > matrix_mult(vector<vector<double> >, vector<vector<double> >);
  23         void recenter(double, vector<vector<double> >, vector<vector<double> >&);
  24         int tred2(vector<vector<double> >&, vector<double>&, vector<double>&);
  25         int qtli(vector<double>&, vector<double>&, vector<vector<double> >&);
  26         vector< vector<double> > calculateEuclidianDistance(vector<vector<double> >&, int); //pass in axes and number of dimensions
  27         vector< vector<double> > calculateEuclidianDistance(vector<vector<double> >&); //pass in axes
  28         vector<vector<double> > getObservedEuclideanDistance(vector<vector<double> >&);
  29         double calcPearson(vector<vector<double> >&, vector<vector<double> >&);
  30         double calcSpearman(vector<vector<double> >&, vector<vector<double> >&);
  31         double calcKendall(vector<vector<double> >&, vector<vector<double> >&);
  32     double calcKruskalWallis(vector<spearmanRank>&, double&);
  33     double calcWilcoxon(vector<double>&, vector<double>&, double&);
  34
  35         double calcPearson(vector<double>&, vector<double>&, double&);
  36         double calcSpearman(vector<double>&, vector<double>&, double&);
  37         double calcKendall(vector<double>&, vector<double>&, double&);
  38
  39         double calcSpearmanSig(double, double, double, double); //length, f^3 - f where f is the number of ties in x, f^3 - f where f is the number of ties in y, sum of squared diffs in ranks. - designed to find the sif of one score.
  40     double calcPearsonSig(double, double); //length, coeff.
  41     double calcKendallSig(double, double); //length, coeff.
  42
  43     vector<double> solveEquations(vector<vector<double> >, vector<double>);
  44     vector<float> solveEquations(vector<vector<float> >, vector<float>);
  45     vector<vector<double> > getInverse(vector<vector<double> >);
  46     double choose(double, double);
  47
  48 private:
  49         MothurOut* m;
  50
  51         double pythag(double, double);
  52     double betacf(const double, const double, const double);
  53     double betai(const double, const double, const double);
  54     double gammln(const double);
  55     double gammq(const double, const double);
  56     double gser(double&, const double, const double, double&);
  57     double gcf(double&, const double, const double, double&);
  58     double erfcc(double);
  59     double gammp(const double, const double);
  60     double pnorm(double x);
  61
  62     double ran0(int&); //for testing
  63     double ran1(int&); //for testing
  64     double ran2(int&); //for testing
  65     double ran3(int&); //for testing
  66     double ran4(int&); //for testing
  67     void psdes(unsigned long &, unsigned long &); //for testing
  68
  69     void ludcmp(vector<vector<double> >&, vector<int>&, double&);
  70     void lubksb(vector<vector<double> >&, vector<int>&, vector<double>&);
  71
  72     void ludcmp(vector<vector<float> >&, vector<int>&, float&);
  73     void lubksb(vector<vector<float> >&, vector<int>&, vector<float>&);
  74
  75
  76
  77 };
  78
  79 #endif
  80