kruskalwalliscommand.h

   1 /*
   2  * File:   kruskalwalliscommand.h
   3  * Author: kiverson
   4  *
   5  * Created on June 26, 2012, 11:07 AM
   6  */
   7
   8 #ifndef KRUSKALWALLISCOMMAND_H
   9 #define KRUSKALWALLISCOMMAND_H
  10
  11 #include "command.hpp"
  12
  13     struct groupRank {
  14         sstring group;
  15         double value;
  16         double rank;
  17     };
  18
  19 class KruskalWallisCommand : public Command {
  20
  21 public:
  22
  23         KruskalWallisCommand(string);
  24         KruskalWallisCommand();
  25         ~KruskalWallisCommand(){}
  26
  27         vector<string> setParameters();
  28         string getCommandName()                 { return "kruskalwallis";                       }
  29         string getCommandCategory()             { return "Hypothesis Testing";  }
  30         string getOutputFileNameTag(string, string);
  31         string getHelpString();
  32         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/kruskalwallis"; }
  33         string getDescription()         { return "Non-parametric method for testing whether samples originate from the same distribution."; }
  34
  35     int execute();
  36         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  37     void assignRank(vector<groupRank>);
  38
  39 private:
  40     string outputDir;
  41     vector<int> counts;
  42     vector<double> rankSums;
  43     vector<double> rankMeans;
  44
  45
  46
  47     bool comparevalue(const groupRank &a, const groupRank &b) { return a.value < b.value; }
  48     bool equalvalue(const groupRank &a, const groupRank &b) { return a.value == b.value; }
  49     bool comparerank(const groupRank &a, const groupRank &b) { return a.rank < b.rank; }
  50     bool equalrank(const groupRank &a, const groupRank &b) { return a.rank == b.rank; }
  51     bool equalgroup(const groupRank &a, const groupRank &b) { return a.group == b.group; }
  52
  53 };
  54
  55 #endif  /* KRUSKALWALLISCOMMAND_H */
  56