kruskalwalliscommand.h

   1 /*
   2  * File:   kruskalwalliscommand.h
   3  * Author: kiverson
   4  *
   5  * Created on June 26, 2012, 11:07 AM
   6  */
   7
   8 #ifndef KRUSKALWALLISCOMMAND_H
   9 #define KRUSKALWALLISCOMMAND_H
  10
  11 #include "command.hpp"
  12
  13
  14 class KruskalWallisCommand : public Command {
  15
  16 public:
  17
  18         KruskalWallisCommand(string);
  19         KruskalWallisCommand();
  20         ~KruskalWallisCommand(){}
  21
  22         vector<string> setParameters();
  23         string getCommandName()                 { return "kruskalwallis";                       }
  24         string getCommandCategory()             { return "Hypothesis Testing";  }
  25         string getOutputFileNameTag(string, string);
  26         string getHelpString();
  27         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/kruskalwallis"; }
  28         string getDescription()         { return "Non-parametric method for testing whether samples originate from the same distribution."; }
  29
  30     struct groupRank {
  31         string group;
  32         double value;
  33         double rank;
  34     };
  35
  36     int execute();
  37         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  38     void assignRank(vector<groupRank>&);
  39
  40
  41 private:
  42     string outputDir;
  43     bool abort;
  44     vector<int> counts;
  45     vector<double> rankSums;
  46     vector<double> rankMeans;
  47
  48
  49
  50     bool comparevalue(const groupRank &a, const groupRank &b) { return a.value < b.value; }
  51     bool equalvalue(const groupRank &a, const groupRank &b) { return a.value == b.value; }
  52     bool comparerank(const groupRank &a, const groupRank &b) { return a.rank < b.rank; }
  53     bool equalrank(const groupRank &a, const groupRank &b) { return a.rank == b.rank; }
  54     bool equalgroup(const groupRank &a, const groupRank &b) { return a.group == b.group; }
  55
  56 };
  57
  58 #endif  /* KRUSKALWALLISCOMMAND_H */
  59