kruskalwalliscommand.h

   1 /*
   2  * File:   kruskalwalliscommand.h
   3  * Author: kiverson
   4  *
   5  * Created on June 26, 2012, 11:07 AM
   6  */
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   8 #ifndef KRUSKALWALLISCOMMAND_H
   9 #define KRUSKALWALLISCOMMAND_H
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  11 #include "command.hpp"
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  13 class KruskalWallisCommand : public Command {
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  15 public:
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  17         KruskalWallisCommand(string);
  18         KruskalWallisCommand();
  19         ~KruskalWallisCommand(){}
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  21         vector<string> setParameters();
  22         string getCommandName()                 { return "kruskalwallis";                       }
  23         string getCommandCategory()             { return "Hypothesis Testing";  }
  24         string getOutputFileNameTag(string, string);
  25         string getHelpString();
  26         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/kruskalwallis"; }
  27         string getDescription()         { return "Non-parametric method for testing whether samples originate from the same distribution."; }
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  29     int execute();
  30         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  31     multimap<double,double> getRank(vector<KruskalWallisCommand::groupRank>);
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  33 private:
  34     string outputDir;
  35     vector<int> counts;
  36     vector<double> rankSums;
  37     vector<double> rankMeans;
  38
  39 };
  40
  41 #endif  /* KRUSKALWALLISCOMMAND_H */
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