kruskalwalliscommand.h

   1 /*
   2  * File:   kruskalwalliscommand.h
   3  * Author: kiverson
   4  *
   5  * Created on June 26, 2012, 11:07 AM
   6  */
   7
   8 #ifndef KRUSKALWALLISCOMMAND_H
   9 #define KRUSKALWALLISCOMMAND_H
  10
  11 #include "command.hpp"
  12 #include "inputdata.h"
  13 #include "sharedrabundvector.h"
  14
  15
  16 class KruskalWallisCommand : public Command {
  17
  18 public:
  19
  20         KruskalWallisCommand(string);
  21         KruskalWallisCommand();
  22         ~KruskalWallisCommand(){}
  23
  24         vector<string> setParameters();
  25         string getCommandName()                 { return "kruskalwallis";                       }
  26         string getCommandCategory()             { return "Hypothesis Testing";  }
  27     string getOutputPattern(string);
  28         string getHelpString();
  29         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/kruskalwallis"; }
  30         string getDescription()         { return "Non-parametric method for testing whether samples originate from the same distribution."; }
  31
  32     struct groupRank {
  33         string group;
  34         double value;
  35         double rank;
  36     };
  37
  38     int execute();
  39         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  40     void assignRank(vector<groupRank>&);
  41     void assignValue(vector<groupRank>&);
  42
  43
  44 private:
  45     string outputDir, sharedfile, groups;
  46     bool abort;
  47     set<string> labels;
  48     vector<string> outputNames, Groups;
  49     vector<int> counts;
  50     vector<double> rankSums;
  51     vector<double> rankMeans;
  52
  53
  54
  55     static bool comparevalue(const groupRank &a, const groupRank &b) { return a.value < b.value; }
  56     static bool equalvalue(const groupRank &a, const groupRank &b) { return a.value == b.value; }
  57     static bool comparerank(const groupRank &a, const groupRank &b) { return a.rank < b.rank; }
  58     static bool equalrank(const groupRank &a, const groupRank &b) { return a.rank == b.rank; }
  59     static bool equalgroup(const groupRank &a, const groupRank &b) { return a.group == b.group; }
  60
  61 };
  62
  63 #endif  /* KRUSKALWALLISCOMMAND_H */
  64