kmerdb.hpp

   1 #ifndef KMERDB_HPP
   2 #define KMERDB_HPP
   3
   4 /*
   5  *  kmerdb.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/16/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14
  15 class KmerDB : public Database {
  16
  17 public:
  18         KmerDB(string, int);
  19         Sequence* findClosestSequence(Sequence*);
  20
  21 private:
  22         void generateKmerDB(string);
  23         void readKmerDB(string, ifstream&);
  24         int kmerSize;
  25         int maxKmer;
  26         vector<vector<int> > kmerLocations;
  27 };
  28
  29 #endif