kmer.hpp

   1 #ifndef KMER_HPP
   2 #define KMER_HPP
   3
   4 /*
   5  *  kmer.hpp
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14
  15 /**************************************************************************************************/
  16
  17 class Kmer {
  18
  19 public:
  20         Kmer(int);
  21         string getKmerString(string);
  22         int getKmerNumber(string, int);
  23         string getKmerBases(int);
  24
  25
  26 private:
  27         char getASCII(int);
  28         int getNumber(char);
  29         int kmerSize;
  30         int maxKmer;
  31         int nKmers;
  32 };
  33
  34 /**************************************************************************************************/
  35
  36
  37 #endif