kmer.hpp

   1 #ifndef KMER_HPP
   2 #define KMER_HPP
   3
   4 /*
   5  *  kmer.hpp
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
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  13 #include "mothur.h"
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  15 /**************************************************************************************************/
  16
  17 class Kmer {
  18
  19 public:
  20         Kmer(int);
  21         string getKmerString(string);
  22         int getKmerNumber(string, int);
  23         string getKmerBases(int);
  24         int getReverseKmerNumber(int);
  25         vector< map<int, int> > getKmerCounts(string sequence);  //for use in chimeraCheck
  26
  27 private:
  28         char getASCII(int);
  29         int getNumber(char);
  30         int kmerSize;
  31         int maxKmer;
  32         int nKmers;
  33 };
  34
  35 /**************************************************************************************************/
  36
  37
  38 #endif