jackknife.h

   1 #ifndef JACKKNIFE_H
   2 #define JACKKNIFE_H
   3
   4 /*
   5  *  jacknife.h
   6  *  Dotur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 1/7/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "calculator.h"
  14
  15 /* This class implements the JackKnife estimator on single group.
  16 It is a child of the calculator class. */
  17
  18 /***********************************************************************/
  19
  20 class Jackknife : public Calculator  {
  21
  22 public:
  23         Jackknife() : Calculator("jackknife", 3, false) {       getAMatrix(); };
  24         EstOutput getValues(SAbundVector*);
  25         EstOutput getValues(vector<SharedRAbundVector*>) {return data;};
  26         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Jackknife"; }
  27
  28 private:
  29         static const int maxOrder = 30;
  30         vector<vector<double> > aMat;
  31
  32         void getAMatrix();
  33         double CN(double);
  34 };
  35
  36 /***********************************************************************/
  37
  38 #endif