indicatorcommand.h

   1 #ifndef INDICATORCOMMAND_H
   2 #define INDICATORCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  indicatorcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 11/12/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "readtree.h"
  15 #include "counttable.h"
  16 #include "sharedrabundvector.h"
  17 #include "sharedrabundfloatvector.h"
  18 #include "inputdata.h"
  19
  20 class IndicatorCommand : public Command {
  21 public:
  22         IndicatorCommand(string);
  23         IndicatorCommand();
  24         ~IndicatorCommand(){}
  25
  26         vector<string> setParameters();
  27         string getCommandName()                 { return "indicator";                           }
  28         string getCommandCategory()             { return "Hypothesis Testing";          }
  29         string getOutputFileNameTag(string, string);
  30         string getHelpString();
  31         string getCitation() { return "Dufrene M, Legendre P (1997). Species assemblages and indicator species: The need for a flexible asymmetrical approach. Ecol Monogr 67: 345-66.\n McCune B, Grace JB, Urban DL (2002). Analysis of ecological communities. MjM Software Design: Gleneden Beach, OR. \nLegendre P, Legendre L (1998). Numerical Ecology. Elsevier: New York. \nhttp://www.mothur.org/wiki/Indicator"; }
  32         string getDescription()         { return "calculate the indicator value for each OTU"; }
  33
  34         int execute();
  35         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  36
  37 private:
  38         ReadTree* read;
  39         CountTable* ct;
  40         GroupMap* designMap;
  41         string treefile, sharedfile, relabundfile, groups, label, inputFileName, outputDir, designfile;
  42         bool abort;
  43         int iters, processors;
  44         vector<string> outputNames, Groups;
  45         vector<SharedRAbundVector*> lookup;
  46         vector<SharedRAbundFloatVector*> lookupFloat;
  47
  48         int getShared();
  49         int getSharedFloat();
  50         int GetIndicatorSpecies(Tree*&);
  51         int GetIndicatorSpecies();
  52         set<string> getDescendantList(Tree*&, int, map<int, set<string> >, map<int, set<int> >&);
  53         vector<float> getValues(vector< vector<SharedRAbundVector*> >&, map< vector<int>, vector<int> >);
  54         vector<float> getValues(vector< vector<SharedRAbundFloatVector*> >&, map< vector<int>, vector<int> >);
  55         map<int, float> getDistToRoot(Tree*&);
  56         map< vector<int>, vector<int> > randomizeGroupings(vector< vector<SharedRAbundVector*> >&, int);
  57         map< vector<int>, vector<int> > randomizeGroupings(vector< vector<SharedRAbundFloatVector*> >&, int);
  58         vector<float> driver(vector< vector<SharedRAbundFloatVector*> >&, map< vector<int>, vector<int> >, int, vector<float>, int);
  59         vector<float> driver(vector< vector<SharedRAbundVector*> >&, map< vector<int>, vector<int> >, int, vector<float>, int);
  60         vector<float> getPValues(vector< vector<SharedRAbundFloatVector*> >&, map< vector<int>, vector<int> >, int, vector<float>);
  61         vector<float> getPValues(vector< vector<SharedRAbundVector*> >&, map< vector<int>, vector<int> >, int, vector<float>);
  62
  63
  64 };
  65
  66
  67 #endif
  68