helpcommand.cpp

   1 /*
   2  *  helpcommand.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
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  10 #include "helpcommand.h"
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  12 //**********************************************************************************************************************
  13
  14 HelpCommand::HelpCommand(){
  15         globaldata = GlobalData::getInstance();
  16         validCommands = new ValidCommands();
  17 }
  18
  19 //**********************************************************************************************************************
  20
  21 HelpCommand::~HelpCommand(){}
  22
  23 //**********************************************************************************************************************
  24
  25 int HelpCommand::execute(){
  26
  27         if (globaldata->helpRequest == "read.dist") {
  28                 cout << "The read.dist command parameter options are phylip or column, group, name, cutoff and precision" << "\n";
  29                 cout << "The read.dist command must be run before using the cluster or libshuff commands" << "\n";
  30                 cout << "The read.dist command can be used in two ways.  The first is to read a phylip or column and run the cluster command" << "\n";
  31                 cout << "For this use the read.dist command should be in the following format: " << "\n";
  32                 cout << "read.dist(phylip=yourDistFile, name=yourNameFile, cutoff=yourCutoff, precision=yourPrecision) " << "\n";
  33                 cout << "The phylip or column parameter is required, but only one may be used.  If you use a column file the name filename is required. " << "\n";
  34                 cout << "If you do not provide a cutoff value 10.00 is assumed. If you do not provide a precision value then 100 is assumed." << "\n";
  35                 cout << "The second way to use the read.dist command is to read a phylip or column and a group, so you can use the libshuff command." << "\n";
  36                 cout << "For this use the read.dist command should be in the following format: " << "\n";
  37                 cout << "read.dist(phylip=yourPhylipfile, group=yourGroupFile). The cutoff and precision parameters are not valid with this use.  " << "\n";
  38                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. phylip), '=' and parameters (i.e.yourPhylipfile)." << "\n" << "\n";
  39         }else if (globaldata->helpRequest == "read.otu") {
  40                 cout << "The read.otu command must be run before you execute a collect.single, rarefaction.single, summary.single, " << "\n";
  41                 cout << "collect.shared, rarefaction.shared or summary.shared command.   Mothur will generate a .list, .rabund and .sabund upon completion of the cluster command " << "\n";
  42                 cout << "or you may use your own. The read.otu command parameter options are list, rabund, sabund, shared, group, order, line and label." << "\n";
  43                 cout << "The read.otu command can be used in two ways.  The first is to read a list, rabund or sabund and run the collect.single, rarefaction.single or summary.single." << "\n";
  44                 cout << "For this use the read.otu command should be in the following format: read.otu(list=yourListFile, order=yourOrderFile, label=yourLabels)." << "\n";
  45                 cout << "The list, rabund or sabund parameter is required, but you may only use one of them." << "\n";
  46                 cout << "The line and label parameters are optional but you may not use both the line and label parameters at the same time." << "\n";
  47                 cout << "The label and line parameters are used to read specific lines in your input." << "\n";
  48                 cout << "The second way to use the read.otu command is to read a list and a group, or a shared so you can use the collect.shared, rarefaction.shared or summary.shared commands." << "\n";
  49                 cout << "In this case the read.otu command should be in the following format: read.otu(list=yourListFile, group=yourGroupFile, line=yourLines) or read.otu(shared=yourSharedFile).  " << "\n";
  50                 cout << "The list parameter and group paramaters or the shared paremeter is required. When using the command the second way with a list and group file read.otu command parses the .list file" << "\n";
  51                 cout << "and separates it into groups.  It outputs a .shared file containing the OTU information for each group. The read.otu command also outputs a .list file for each group. " << "\n";
  52                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. list), '=' and parameters (i.e.yourListfile)." << "\n" << "\n";
  53         }else if (globaldata->helpRequest == "read.tree") {
  54                 cout << "The read.tree command must be run before you execute a unifrac.weighted, unifrac.unweighted. " << "\n";
  55                 cout << "It also must be run before using the parsimony command, unless you are using the randomtree parameter." << "\n";
  56                 cout << "The read.tree command should be in the following format: read.tree(tree=yourTreeFile, group=yourGroupFile)." << "\n";
  57                 cout << "The tree and group parameters are both required." << "\n";
  58                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. tree), '=' and parameters (i.e.yourTreefile)." << "\n" << "\n";
  59         }else if (globaldata->helpRequest == "cluster") {
  60                 cout << "The cluster command can only be executed after a successful read.dist command." << "\n";
  61                 cout << "The cluster command parameter options are method, cuttoff and precision. No parameters are required." << "\n";
  62                 cout << "The cluster command should be in the following format: " << "\n";
  63                 cout << "cluster(method=yourMethod, cutoff=yourCutoff, precision=yourPrecision) " << "\n";
  64                 cout << "The acceptable cluster methods are furthest, nearest and average.  If no method is provided then furthest is assumed." << "\n" << "\n";
  65         }else if (globaldata->helpRequest == "deconvolute") {
  66                 cout << "The deconvolute command reads a fastafile and creates a namesfile." << "\n";
  67                 cout << "It creates a file where the first column is the groupname and the second column is a list of sequence names who have the same sequence. " << "\n";
  68                 cout << "If the sequence is unique the second column will just contain its name. " << "\n";
  69                 cout << "The deconvolute command parameter is fasta and it is required." << "\n";
  70                 cout << "The deconvolute command should be in the following format: " << "\n";
  71                 cout << "deconvolute(fasta=yourFastaFile) " << "\n";
  72         }else if (globaldata->helpRequest == "collect.single") {
  73                 cout << "The collect.single command can only be executed after a successful read.otu command. WITH ONE EXECEPTION. " << "\n";
  74                 cout << "The collect.single command can be executed after a successful cluster command.  It will use the .list file from the output of the cluster." << "\n";
  75                 cout << "The collect.single command parameters are label, line, freq, calc and abund.  No parameters are required, but you may not use " << "\n";
  76                 cout << "both the line and label parameters at the same time. The collect.single command should be in the following format: " << "\n";
  77                 cout << "collect.single(label=yourLabel, line=yourLines, iters=yourIters, freq=yourFreq, calc=yourEstimators)." << "\n";
  78                 cout << "Example collect(label=unique-.01-.03, line=0-5-10, iters=10000, freq=10, calc=sobs-chao-ace-jack)." << "\n";
  79                 cout << "The default values for freq is 100, and calc are sobs-chao-ace-jack-bootstrap-shannon-npshannon-simpson." << "\n";
  80                 cout << "The label and line parameters are used to analyze specific lines in your input." << "\n";
  81                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. freq), '=' and parameters (i.e.yourFreq)." << "\n" << "\n";
  82         }else if (globaldata->helpRequest == "collect.shared") {
  83                 cout << "The collect.shared command can only be executed after a successful read.otu command." << "\n";
  84                 cout << "The collect.shared command parameters are label, line, freq, jumble, calc and groups.  No parameters are required, but you may not use " << "\n";
  85                 cout << "both the line and label parameters at the same time. The collect.shared command should be in the following format: " << "\n";
  86                 cout << "collect.shared(label=yourLabel, line=yourLines, freq=yourFreq, jumble=yourJumble, calc=yourEstimators, groups=yourGroups)." << "\n";
  87                 cout << "Example collect.shared(label=unique-.01-.03, line=0-5-10, freq=10, jumble=1, groups=B-C, calc=sharedChao-sharedAce-sharedJabund-sharedSorensonAbund-sharedJclass-sharedSorClass-sharedJest-sharedSorEst-SharedThetaYC-SharedThetaN)." << "\n";
  88                 cout << "The default values for jumble is 1 (meaning jumble, if it’s set to 0 then it will not jumble), freq is 100 and calc are sharedsobs-sharedChao-sharedAce-sharedJabund-sharedSorensonAbund-sharedJclass-sharedSorClass-sharedJest-sharedSorEst-SharedThetaYC-SharedThetaN." << "\n";
  89                 cout << "The default value for groups is all the groups in your groupfile." << "\n";
  90                 cout << "The label and line parameters are used to analyze specific lines in your input." << "\n";
  91                 cout << "The groups parameter allows you to specify which of the groups in your groupfile you would like analyzed.  You must enter at least 2 valid groups." << "\n";
  92                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. list), '=' and parameters (i.e.yourListfile)." << "\n" << "\n";
  93         }else if (globaldata->helpRequest == "get.group") {
  94                 cout << "The get.group command can only be executed after a successful read.otu command of a group file." << "\n";
  95                 cout << "You may not use any parameters with the get.group command." << "\n";
  96                 cout << "The get.group command should be in the following format: " << "\n";
  97                 cout << "get.group()" << "\n";
  98                 cout << "Example get.group()." << "\n";
  99         }else if (globaldata->helpRequest == "get.label") {
 100                 cout << "The get.label command can only be executed after a successful read.otu command." << "\n";
 101                 cout << "You may not use any parameters with the get.label command." << "\n";
 102                 cout << "The get.label command should be in the following format: " << "\n";
 103                 cout << "get.label()" << "\n";
 104                 cout << "Example get.label()." << "\n";
 105         }else if (globaldata->helpRequest == "get.line") {
 106                 cout << "The get.line command can only be executed after a successful read.otu command." << "\n";
 107                 cout << "You may not use any parameters with the get.line command." << "\n";
 108                 cout << "The get.line command should be in the following format: " << "\n";
 109                 cout << "get.line()" << "\n";
 110                 cout << "Example get.line()." << "\n";
 111         }else if (globaldata->helpRequest == "rarefaction.single") {
 112                 cout << "The rarefaction.single command can only be executed after a successful read.otu WTIH ONE EXECEPTION." << "\n";
 113                 cout << "The rarefaction.single command can be executed after a successful cluster command.  It will use the .list file from the output of the cluster." << "\n";
 114                 cout << "The rarefaction.single command parameters are label, line, iters, freq, calc and abund.  No parameters are required, but you may not use " << "\n";
 115                 cout << "both the line and label parameters at the same time. The rarefaction.single command should be in the following format: " << "\n";
 116                 cout << "rarefaction.single(label=yourLabel, line=yourLines, iters=yourIters, freq=yourFreq, calc=yourEstimators)." << "\n";
 117                 cout << "Example rarefaction.single(label=unique-.01-.03, line=0-5-10, iters=10000, freq=10, calc=sobs-rchao-race-rjack-rbootstrap-rshannon-rnpshannon-rsimpson)." << "\n";
 118                 cout << "The default values for iters is 1000, freq is 100, and calc is rarefaction which calculates the rarefaction curve for the observed richness." << "\n";
 119                 cout << "The label and line parameters are used to analyze specific lines in your input." << "\n";
 120                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. freq), '=' and parameters (i.e.yourFreq)." << "\n" << "\n";
 121         }else if (globaldata->helpRequest == "rarefaction.shared") {
 122                 cout << "The rarefaction.shared command can only be executed after a successful read.otu command." << "\n";
 123                 cout << "The rarefaction.shared command parameters are label, line, iters, jumble, groups and calc.  No parameters are required, but you may not use " << "\n";
 124                 cout << "both the line and label parameters at the same time. The rarefaction command should be in the following format: " << "\n";
 125                 cout << "rarefaction.shared(label=yourLabel, line=yourLines, iters=yourIters, jumble=yourJumble, calc=yourEstimators, groups=yourGroups)." << "\n";
 126                 cout << "Example rarefaction.shared(label=unique-.01-.03, line=0-5-10, iters=10000, jumble=1, groups=B-C, calc=sharedobserved)." << "\n";
 127                 cout << "The default values for iters is 1000, jumble is 1 (meaning jumble, if it’s set to 0 then it will not jumble), freq is 100, and calc is sharedobserved which calculates the shared rarefaction curve for the observed richness." << "\n";
 128                 cout << "The default value for groups is all the groups in your groupfile." << "\n";
 129                 cout << "The label and line parameters are used to analyze specific lines in your input." << "\n";
 130                 cout << "The groups parameter allows you to specify which of the groups in your groupfile you would like analyzed.  You must enter at least 2 valid groups." << "\n";
 131                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. freq), '=' and parameters (i.e.yourFreq)." << "\n" << "\n";
 132         }else if (globaldata->helpRequest == "summary.single") {
 133                 cout << "The summary.single command can only be executed after a successful read.otu WTIH ONE EXECEPTION." << "\n";
 134                 cout << "The summary.single command can be executed after a successful cluster command.  It will use the .list file from the output of the cluster." << "\n";
 135                 cout << "The summary.single command parameters are label, line, calc, abund.  No parameters are required, but you may not use " << "\n";
 136                 cout << "both the line and label parameters at the same time. The summary.single command should be in the following format: " << "\n";
 137                 cout << "summary.single(label=yourLabel, line=yourLines, calc=yourEstimators)." << "\n";
 138                 cout << "Example summary.single(label=unique-.01-.03, line=0,5,10, calc=sobs-chao-ace-jack-bootstrap-shannon-npshannon-simpson)." << "\n";
 139                 cout << "The default value calc is sobs-chao-ace-jack-bootstrap-shannon-npshannon-simpson" << "\n";
 140                 cout << "The label and line parameters are used to analyze specific lines in your input." << "\n";
 141                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. line), '=' and parameters (i.e.yourLines)." << "\n" << "\n";
 142         }else if (globaldata->helpRequest == "summary.shared") {
 143                 cout << "The summary.shared command can only be executed after a successful read.otu command." << "\n";
 144                 cout << "The summary.shared command parameters are label, line, jumble and calc.  No parameters are required, but you may not use " << "\n";
 145                 cout << "both the line and label parameters at the same time. The summary.shared command should be in the following format: " << "\n";
 146                 cout << "summary.shared(label=yourLabel, line=yourLines, jumble=yourJumble, calc=yourEstimators, groups=yourGroups)." << "\n";
 147                 cout << "Example summary.shared(label=unique-.01-.03, line=0,5,10, jumble=1, groups=B-C, calc=sharedChao-sharedAce-sharedJabund-sharedSorensonAbund-sharedJclass-sharedSorClass-sharedJest-sharedSorEst-SharedThetaYC-SharedThetaN)." << "\n";
 148                 cout << "The default value for jumble is 1 (meaning jumble, if it’s set to 0 then it will not jumble) and calc is sharedsobs-sharedChao-sharedAce-sharedJabund-sharedSorensonAbund-sharedJclass-sharedSorClass-sharedJest-sharedSorEst-SharedThetaYC-SharedThetaN" << "\n";
 149                 cout << "The default value for groups is all the groups in your groupfile." << "\n";
 150                 cout << "The label and line parameters are used to analyze specific lines in your input." << "\n";
 151                 cout << "The groups parameter allows you to specify which of the groups in your groupfile you would like analyzed.  You must enter at least 2 valid groups." << "\n";
 152                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. line), '=' and parameters (i.e.yourLines)." << "\n" << "\n";
 153         }else if (globaldata->helpRequest == "parsimony") {
 154                 cout << "The parsimony command can only be executed after a successful read.tree command, unless you use the random parameter." << "\n";
 155                 cout << "The parsimony command parameters are random, groups and iters.  No parameters are required." << "\n";
 156                 cout << "The groups parameter allows you to specify which of the groups in your groupfile you would like analyzed.  You must enter at least 1 valid group." << "\n";
 157                 cout << "The group names are separated by dashes.  The iters parameter allows you to specify how many random trees you would like compared to your tree." << "\n";
 158                 cout << "The parsimony command should be in the following format: parsimony(random=yourOutputFilename, groups=yourGroups, iters=yourIters)." << "\n";
 159                 cout << "Example parsimony(random=out, iters=500)." << "\n";
 160                 cout << "The default value for random is "" (meaning you want to use the trees in your inputfile, randomtree=out means you just want the random distribution of trees outputted to out.rd_parsimony)," << "\n";
 161                 cout << "and iters is 1000.  The parsimony command output two files: .parsimony and .psummary their descriptions are in the manual." << "\n";
 162                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. random), '=' and parameters (i.e.yourOutputFilename)." << "\n" << "\n";
 163         }else if (globaldata->helpRequest == "unifrac.weighted") {
 164                 cout << "The unifrac.weighted command can only be executed after a successful read.tree command." << "\n";
 165                 cout << "The unifrac.weighted command parameters are groups and iters.  No parameters are required." << "\n";
 166                 cout << "The groups parameter allows you to specify which of the groups in your groupfile you would like analyzed.  You must enter at least 2 valid groups." << "\n";
 167                 cout << "The group names are separated by dashes.  The iters parameter allows you to specify how many random trees you would like compared to your tree." << "\n";
 168                 cout << "The unifrac.weighted command should be in the following format: unifrac.weighted(groups=yourGroups, iters=yourIters)." << "\n";
 169                 cout << "Example unifrac.weighted(groups=A-B-C, iters=500)." << "\n";
 170                 cout << "The default value for groups is all the groups in your groupfile, and iters is 1000." << "\n";
 171                 cout << "The unifrac.weighted command output two files: .weighted and .wsummary their descriptions are in the manual." << "\n";
 172                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. list), '=' and parameters (i.e.yourListfile)." << "\n" << "\n";
 173         }else if (globaldata->helpRequest == "unifrac.unweighted") {
 174                 cout << "The unifrac.unweighted command can only be executed after a successful read.tree command." << "\n";
 175                 cout << "The unifrac.unweighted command parameters are groups and iters.  No parameters are required." << "\n";
 176                 cout << "The groups parameter allows you to specify which of the groups in your groupfile you would like analyzed.  You must enter at least 1 valid group." << "\n";
 177                 cout << "The group names are separated by dashes.  The iters parameter allows you to specify how many random trees you would like compared to your tree." << "\n";
 178                 cout << "The unifrac.unweighted command should be in the following format: unifrac.unweighted(groups=yourGroups, iters=yourIters)." << "\n";
 179                 cout << "Example unifrac.unweighted(groups=A-B-C, iters=500)." << "\n";
 180                 cout << "The default value for groups is all the groups in your groupfile, and iters is 1000." << "\n";
 181                 cout << "The unifrac.unweighted command output two files: .unweighted and .uwsummary their descriptions are in the manual." << "\n";
 182                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. list), '=' and parameters (i.e.yourListfile)." << "\n" << "\n";
 183         }else if (globaldata->helpRequest == "libshuff") {
 184                 cout << "The libshuff command can only be executed after a successful read.dist command." << "\n";
 185                 cout << "The libshuff command parameters are groups, iters, step, form and cutoff.  No parameters are required." << "\n";
 186                 cout << "The groups parameter allows you to specify which of the groups in your groupfile you would like analyzed.  You must enter at least 2 valid groups." << "\n";
 187                 cout << "The group names are separated by dashes.  The iters parameter allows you to specify how many random matrices you would like compared to your matrix." << "\n";
 188                 cout << "The step parameter allows you to specify change in distance you would like between each output if you are using the discrete form." << "\n";
 189                 cout << "The form parameter allows you to specify if you would like to analyze your matrix using the discrete or integral form. Your options are integral or discrete." << "\n";
 190                 cout << "The libshuff command should be in the following format: libshuff(groups=yourGroups, iters=yourIters, cutOff=yourCutOff, form=yourForm, step=yourStep)." << "\n";
 191                 cout << "Example libshuff(groups=A-B-C, iters=500, form=discrete, step=0.01, cutOff=2.0)." << "\n";
 192                 cout << "The default value for groups is all the groups in your groupfile, iters is 10000, cutoff is 1.0, form is integral and step is 0.01." << "\n";
 193                 cout << "The libshuff command output two files: .coverage and .slsummary their descriptions are in the manual." << "\n";
 194                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. iters), '=' and parameters (i.e.yourIters)." << "\n" << "\n";
 195         }else if (globaldata->helpRequest == "heatmap") {
 196                 cout << "The heatmap command can only be executed after a successful read.otu command." << "\n";
 197                 cout << "The heatmap command parameters are groups, sorted, scaler, line and label.  No parameters are required, but you may not use line and label at the same time." << "\n";
 198                 cout << "The groups parameter allows you to specify which of the groups in your groupfile you would like included in your heatmap." << "\n";
 199                 cout << "The sorted parameter allows you to choose to see the file with the shared otus at the top or the otus in the order they appear in your input file. " << "\n";
 200                 cout << "The scaler parameter allows you to choose the range of color your bin information will be displayed with." << "\n";
 201                 cout << "The group names are separated by dashes. The line and label allow you to select what distance levels you would like a heatmap created for, and are also separated by dashes." << "\n";
 202                 cout << "The heatmap command should be in the following format: heatmap(groups=yourGroups, sorted=yourSorted, line=yourLines, label=yourLabels)." << "\n";
 203                 cout << "Example heatmap(groups=A-B-C, line=1-3-5, sorted=0, scaler=log10)." << "\n";
 204                 cout << "The default value for groups is all the groups in your groupfile, and all lines in your inputfile will be used." << "\n";
 205                 cout << "The default value for sorted is 1 meaning you want the shared otus on top, you may change it to 0 meaning the exact representation of your input file." << "\n";
 206                 cout << "The default value for scaler is log2; your other options are log10 and linear." << "\n";
 207                 cout << "The heatmap command outputs a .svg file for each line or label you specify." << "\n";
 208                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. groups), '=' and parameters (i.e.yourGroups)." << "\n" << "\n";
 209         }else if (globaldata->helpRequest == "venn") {
 210                 cout << "The venn command can only be executed after a successful read.otu command." << "\n";
 211                 cout << "The venn command parameters are groups, calc, line and label.  No parameters are required, but you may not use line and label at the same time." << "\n";
 212                 cout << "The groups parameter allows you to specify which of the groups in your groupfile you would like included in your venn diagram, you may only use a maximum of 4 groups." << "\n";
 213                 cout << "The group names are separated by dashes. The line and label allow you to select what distance levels you would like a venn diagram created for, and are also separated by dashes." << "\n";
 214                 cout << "The venn command should be in the following format: venn(groups=yourGroups, calc=yourSorted, line=yourLines, label=yourLabels)." << "\n";
 215                 cout << "Example venn(groups=A-B-C, line=1-3-5, calc=sharedsobs-sharedchao)." << "\n";
 216                 cout << "The default value for groups is all the groups in your groupfile up to 4, and all lines in your inputfile will be used." << "\n";
 217                 cout << "The default value for calc is sobs if you have only read a list file or if you have selected only one group, and sharedsobs if you have multiple groups." << "\n";
 218                 cout << "The default available estimators for calc are sobs, chao and ace if you have only read a list file, and sharedsobs, sharedchao and sharedace if you have read a list and group file or a shared file." << "\n";
 219                 cout << "The only estmiator available four 4 groups is sharedsobs." << "\n";
 220                 cout << "The venn command outputs a .svg file for each calculator you specify at each distance you choose." << "\n";
 221                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. groups), '=' and parameters (i.e.yourGroups)." << "\n" << "\n";
 222         }else if (globaldata->helpRequest == "bin.seqs") {
 223                 cout << "The bin.seqs command can only be executed after a successful read.otu command of a list file." << "\n";
 224                 cout << "The bin.seqs command parameters are fasta, name, line and label.  The fasta parameter is required, and you may not use line and label at the same time." << "\n";
 225                 cout << "The line and label allow you to select what distance levels you would like a output files created for, and are separated by dashes." << "\n";
 226                 cout << "The bin.seqs command should be in the following format: bin.seqs(fasta=yourFastaFile, name=yourNamesFile, line=yourLines, label=yourLabels)." << "\n";
 227                 cout << "Example bin.seqs(fasta=amazon.fasta, line=1-3-5, name=amazon.names)." << "\n";
 228                 cout << "The default value for line and label are all lines in your inputfile." << "\n";
 229                 cout << "The bin.seqs command outputs a .fasta file for each distance you specify appending the OTU number to each name." << "\n";
 230                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. fasta), '=' and parameters (i.e.yourFastaFile)." << "\n" << "\n";
 231         }else if (globaldata->helpRequest == "get.oturep") {
 232                 cout << "The get.oturep command can only be executed after a successful read.dist command." << "\n";
 233                 cout << "The get.oturep command parameters are list, fasta, name, line and label.  The fasta and list parameters are required, and you may not use line and label at the same time." << "\n";
 234                 cout << "The line and label allow you to select what distance levels you would like a output files created for, and are separated by dashes." << "\n";
 235                 cout << "The get.oturep command should be in the following format: get.oturep(fasta=yourFastaFile, list=yourListFile, name=yourNamesFile, line=yourLines, label=yourLabels)." << "\n";
 236                 cout << "Example get.oturep(fasta=amazon.fasta, list=amazon.fn.list, line=1-3-5, name=amazon.names)." << "\n";
 237                 cout << "The default value for line and label are all lines in your inputfile." << "\n";
 238                 cout << "The get.oturep command outputs a .fastarep file for each distance you specify, selecting one OTU representative for each bin." << "\n";
 239                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. fasta), '=' and parameters (i.e.yourFastaFile)." << "\n" << "\n";
 240         }else if (globaldata->helpRequest == "quit") {
 241                 cout << "The quit command will terminate Dotur and should be in the following format: " << "\n";
 242                 cout << "quit()" << "\n" << "\n";
 243         }else if (globaldata->helpRequest == "") {
 244                 validCommands->printCommands(cout);
 245                 cout << "For more information about a specific command type 'help(commandName)' i.e. 'help(read.dist)'" << endl;
 246         }else {
 247                 cout << globaldata->helpRequest << " is not a valid command" << endl;
 248         }
 249
 250         cout << endl << "For further assistance please refer to the Mothur manual on our wiki at http://schloss.micro.umass.edu/mothur/, or contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 251         return 0;
 252 }
 253
 254 //**********************************************************************************************************************/