]> git.donarmstrong.com Git - mothur.git/blob - helpcommand.cpp
modified trim.seqs to split by primer name if primer name is given, and warn if dupli...
[mothur.git] / helpcommand.cpp
1 /*
2  *  helpcommand.cpp
3  *  Dotur
4  *
5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
7  *
8  */
9
10 #include "helpcommand.h"
11
12 //**********************************************************************************************************************
13
14 HelpCommand::HelpCommand(string option)  {
15         
16         validCommands = CommandFactory::getInstance();
17 }
18
19 //**********************************************************************************************************************
20
21 HelpCommand::~HelpCommand(){}
22
23 //**********************************************************************************************************************
24
25 int HelpCommand::execute(){
26         validCommands->printCommands(cout);
27         m->mothurOut("For more information about a specific command type 'commandName(help)' i.e. 'read.dist(help)'"); m->mothurOutEndLine();
28         
29         m->mothurOutEndLine(); m->mothurOut("For further assistance please refer to the Mothur manual on our wiki at http://www.mothur.org/wiki, or contact Pat Schloss at mothur.bugs@gmail.com.\n");
30         return 0;
31 }
32
33 //**********************************************************************************************************************/