heatmap.cpp

   1 /*
   2  *  heatmap.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 3/25/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "heatmap.h"
  11
  12 //**********************************************************************************************************************
  13 HeatMap::HeatMap(){
  14         try {
  15                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  16                 format = globaldata->getFormat();
  17
  18         }
  19         catch(exception& e) {
  20                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the HeatMap class Function HeatMap. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  21                 exit(1);
  22         }
  23         catch(...) {
  24                 cout << "An unknown error has occurred in the HeatMap class function HeatMap. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  25                 exit(1);
  26         }
  27 }
  28 //**********************************************************************************************************************
  29 void HeatMap::getPic(OrderVector* order) {
  30         try {
  31                 colorScale.clear();
  32
  33                 rabund = order->getRAbundVector();
  34
  35                 for (int i = 0; i < rabund.size(); i++) {
  36                         colorScale[rabund.get(i)] = "";
  37                 }
  38
  39                 float scaler = 255 / (float) colorScale.size();
  40
  41                 //go through map and give each score a color value
  42                 for (it = colorScale.begin(); it != colorScale.end(); it++) {
  43                         it->second = toHex(int(float(it->first) * scaler));
  44                         if(it->second.length() == 1) {  it->second = "0" + it->second;  }
  45                 }
  46
  47                 string filenamesvg = globaldata->inputFileName + ".heatmap." + order->getLabel() + ".svg";
  48
  49                 openOutputFile(filenamesvg, outsvg);
  50
  51                 //scale max rank so the maxrank = bright red
  52
  53                 //svg image
  54                 outsvg << "<svg width=\"100%\" height=\"100%\" viewBox=\"0 0 300 " + toString((rabund.getNumBins()*5 + 15))  + "\">\n";
  55                 outsvg << "<g>\n";
  56
  57                 int x = 15;
  58                 int y = 15;
  59                 string color;
  60
  61                 for (int i = 0; i <= rabund.getNumBins(); i++) {
  62
  63                         color = colorScale[rabund.get(i)];
  64
  65                         outsvg << "<rect fill=\"#" + color + "0000\" stroke=\"#" + color + "0000\" x=\"" + toString(x) + "\" y=\"" + toString(y) + "\" width=\"300\" height=\"5\"/>\n";
  66                         y += 5;
  67                 }
  68                 outsvg << "</g>\n</svg>\n";
  69
  70                 outsvg.close();
  71
  72         }
  73         catch(exception& e) {
  74                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the HeatMap class Function getPic. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  75                 exit(1);
  76         }
  77         catch(...) {
  78                 cout << "An unknown error has occurred in the HeatMap class function getPic. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  79                 exit(1);
  80         }
  81 }
  82 //**********************************************************************************************************************
  83 void HeatMap::getPic(SharedOrderVector* sharedorder) {
  84         try {
  85                 colorScale.clear();
  86
  87                 //fills vector of sharedsabunds - lookup
  88                 getSharedVectors(sharedorder);
  89
  90                 //get maxBin
  91                 for (int i = 0; i < lookup.size(); i++) {
  92                         for (int j = 0; j < lookup[i]->size(); j++) {
  93                                 colorScale[lookup[i]->getAbundance(j)] = "";
  94                         }
  95                 }
  96
  97                 //get scaler
  98                 float scaler = 255 / (float) colorScale.size();
  99
 100                 //go through map and give each score a color value
 101                 for (it = colorScale.begin(); it != colorScale.end(); it++) {
 102                         it->second = toHex(int(float(it->first) * scaler));
 103                         if(it->second.length() == 1) {  it->second = "0" + it->second;  }
 104                 }
 105
 106                 string filenamesvg = globaldata->inputFileName + ".heatmap." + sharedorder->getLabel() + "." + groupComb + ".svg";
 107                 openOutputFile(filenamesvg, outsvg);
 108
 109                 //svg image
 110                 outsvg << "<svg width=\"100%\" height=\"100%\" viewBox=\"0 0 " + toString(lookup.size() * 300) + " " + toString((lookup[0]->getNumBins()*5 + 15))  + "\">\n";
 111                 outsvg << "<g>\n";
 112
 113                 int x = 15;
 114                 int y = 15;
 115                 string color;
 116
 117                 for (int i = 0; i <= lookup[0]->getNumBins(); i++) {
 118
 119                         for (int j = 0; j < lookup.size(); j++) {
 120
 121                                 color = colorScale[lookup[j]->getAbundance(i)];
 122
 123                                 outsvg << "<rect fill=\"#" + color + "0000\" stroke=\"#" + color + "0000\" x=\"" + toString(x) + "\" y=\"" + toString(y) + "\" width=\"300\" height=\"5\"/>\n";
 124                                 x += 300;
 125                         }
 126                         x = 15;
 127                         y += 5;
 128                 }
 129                 outsvg << "</g>\n</svg>\n";
 130
 131                 outsvg.close();
 132
 133
 134
 135         }
 136         catch(exception& e) {
 137                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the HeatMap class Function getPic. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 138                 exit(1);
 139         }
 140         catch(...) {
 141                 cout << "An unknown error has occurred in the HeatMap class function getPic. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 142                 exit(1);
 143         }
 144 }
 145 //**********************************************************************************************************************
 146 void HeatMap::getSharedVectors(SharedOrderVector* order){
 147         try {
 148                 lookup.clear();
 149
 150                 groupComb = "";
 151
 152                 //create and initialize vector of sharedvectors, one for each group
 153                 for (int i = 0; i < globaldata->Groups.size(); i++) {
 154                         SharedRAbundVector* temp = new SharedRAbundVector(order->getNumBins());
 155                         temp->setLabel(order->getLabel());
 156                         temp->setGroup(globaldata->Groups[i]);
 157                         groupComb += globaldata->Groups[i];
 158                         lookup.push_back(temp);
 159                 }
 160
 161                 int numSeqs = order->size();
 162                 //sample all the members
 163                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 164                         //get first sample
 165                         individual chosen = order->get(i);
 166                         int abundance;
 167
 168                         //set info for sharedvector in chosens group
 169                         for (int j = 0; j < lookup.size(); j++) {
 170                                 if (chosen.group == lookup[j]->getGroup()) {
 171                                          abundance = lookup[j]->getAbundance(chosen.bin);
 172                                          lookup[j]->set(chosen.bin, (abundance + 1), chosen.group);
 173                                          break;
 174                                 }
 175                         }
 176                 }
 177
 178         }
 179         catch(exception& e) {
 180                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the HeatMap class Function getSharedVectors. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 181                 exit(1);
 182         }
 183         catch(...) {
 184                 cout << "An unknown error has occurred in the HeatMap class function getSharedVectors. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 185                 exit(1);
 186         }
 187
 188 }
 189
 190 //**********************************************************************************************************************
 191
 192
 193