hclustercommand.h

   1 #ifndef HCLUSTERCOMMAND_H
   2 #define HCLUSTERCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  hclustercommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 10/13/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "globaldata.hpp"
  15 #include "hcluster.h"
  16 #include "rabundvector.hpp"
  17 #include "sabundvector.hpp"
  18 #include "listvector.hpp"
  19 #include "readcluster.h"
  20
  21 /******************************************************************/
  22 //This command is an implementation of the HCluster algorythmn described in
  23 //ESPRIT: estimating species richness using large collections of 16S rRNA pyrosequences by
  24 //Yijun Sun1,2,*, Yunpeng Cai2, Li Liu1, Fahong Yu1, Michael L. Farrell3, William McKendree3
  25 //and William Farmerie1 1
  26
  27 //Interdisciplinary Center for Biotechnology Research, 2Department of Electrical and Computer Engineering,
  28 //University of Florida, Gainesville, FL 32610-3622 and 3Materials Technology Directorate, Air Force Technical
  29 //Applications Center, 1030 S. Highway A1A, Patrick AFB, FL 32925-3002, USA
  30 //Received January 28, 2009; Revised April 14, 2009; Accepted April 15, 2009
  31 /************************************************************/
  32 struct seqDist {
  33         int seq1;
  34         int seq2;
  35         float dist;
  36 };
  37 /************************************************************/
  38 class HClusterCommand : public Command {
  39
  40 public:
  41         HClusterCommand(string);
  42         ~HClusterCommand();
  43         int execute();
  44         void help();
  45
  46 private:
  47         GlobalData* globaldata;
  48         HCluster* cluster;
  49         ListVector* list;
  50         RAbundVector* rabund;
  51         RAbundVector oldRAbund;
  52         ListVector oldList;
  53         ReadCluster* read;
  54
  55         bool abort;
  56
  57         string method, fileroot, tag, distfile, format, phylipfile, columnfile, namefile, sort;
  58         double cutoff;
  59         string showabund, timing;
  60         int precision, length;
  61         ofstream sabundFile, rabundFile, listFile;
  62         //ifstream in;
  63         seqDist next;
  64         bool exitedBreak, sorted;
  65
  66         bool print_start;
  67         time_t start;
  68         unsigned long loops;
  69
  70         void printData(string label);
  71         vector<seqDist> getSeqs(ifstream&);
  72 };
  73
  74 /************************************************************/
  75
  76 #endif