hclustercommand.h

   1 #ifndef HCLUSTERCOMMAND_H
   2 #define HCLUSTERCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  hclustercommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 10/13/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "globaldata.hpp"
  15 #include "hcluster.h"
  16 #include "rabundvector.hpp"
  17 #include "sabundvector.hpp"
  18 #include "listvector.hpp"
  19 #include "readcluster.h"
  20
  21 /******************************************************************/
  22 //This command is an implementation of the HCluster algorythmn described in
  23 //ESPRIT: estimating species richness using large collections of 16S rRNA pyrosequences by
  24 //Yijun Sun1,2,*, Yunpeng Cai2, Li Liu1, Fahong Yu1, Michael L. Farrell3, William McKendree3
  25 //and William Farmerie1 1
  26
  27 //Interdisciplinary Center for Biotechnology Research, 2Department of Electrical and Computer Engineering,
  28 //University of Florida, Gainesville, FL 32610-3622 and 3Materials Technology Directorate, Air Force Technical
  29 //Applications Center, 1030 S. Highway A1A, Patrick AFB, FL 32925-3002, USA
  30 //Received January 28, 2009; Revised April 14, 2009; Accepted April 15, 2009
  31
  32 /******************************************************************/
  33
  34
  35 /************************************************************/
  36 struct seqDist {
  37         int seq1;
  38         int seq2;
  39         float dist;
  40 };
  41 /************************************************************/
  42 class HClusterCommand : public Command {
  43
  44 public:
  45         HClusterCommand(string);
  46         ~HClusterCommand();
  47         int execute();
  48         void help();
  49
  50 private:
  51         GlobalData* globaldata;
  52         HCluster* cluster;
  53         ListVector* list;
  54         RAbundVector* rabund;
  55         RAbundVector oldRAbund;
  56         ListVector oldList;
  57         ReadCluster* read;
  58
  59         bool abort;
  60
  61         string method, fileroot, tag, distfile, format, phylipfile, columnfile, namefile, sort;
  62         double cutoff;
  63         string showabund, timing;
  64         int precision, length;
  65         ofstream sabundFile, rabundFile, listFile;
  66         //ifstream in;
  67         seqDist next;
  68         bool exitedBreak, sorted;
  69
  70         bool print_start;
  71         time_t start;
  72         unsigned long loops;
  73
  74         void printData(string label);
  75         vector<seqDist> getSeqs(ifstream&);
  76 };
  77
  78 /************************************************************/
  79
  80 #endif