hcluster.h

   1 #ifndef HCLUSTER_H
   2 #define HCLUSTER_H
   3
   4 /*
   5  *  hcluster.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 10/13/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "mothur.h"
  15
  16 class RAbundVector;
  17 class ListVector;
  18
  19 /***********************************************************************/
  20 class HCluster {
  21
  22 public:
  23         HCluster(RAbundVector*, ListVector*);
  24         ~HCluster(){};
  25     bool update(int, int, float);
  26         //string getTag();
  27
  28 protected:
  29         void clusterBins();
  30         void clusterNames();
  31         int getUpmostParent(int);
  32         int makeActive();
  33         void printInfo();
  34         void updateArrayandLinkTable();
  35
  36         RAbundVector* rabund;
  37         ListVector* list;
  38
  39         vector<clusterNode> clusterArray;
  40         vector< map<int, int> > linkTable;  // vector of maps - linkTable[1][6] = 2  would mean sequence in spot 1 has 2 links with sequence in 6
  41         map<int, int> activeLinks;  //maps sequence to index in linkTable
  42         map<int, int>::iterator it;
  43         map<int, int>::iterator it2;
  44
  45         int numSeqs;
  46
  47         int smallRow;
  48         int smallCol;
  49         float smallDist;
  50
  51 };
  52
  53 /***********************************************************************/
  54
  55
  56
  57
  58
  59
  60
  61 #endif
  62
  63