hcluster.h

   1 #ifndef HCLUSTER_H
   2 #define HCLUSTER_H
   3
   4 /*
   5  *  hcluster.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 10/13/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "mothur.h"
  15
  16 class RAbundVector;
  17 class ListVector;
  18
  19 /***********************************************************************/
  20 class HCluster {
  21
  22 public:
  23         HCluster(RAbundVector*, ListVector*);
  24         ~HCluster(){};
  25     void update(int, int, float);
  26         void setMapWanted(bool m);
  27         map<string, int> getSeqtoBin()  {  return seq2Bin;      }
  28
  29 protected:
  30         void clusterBins();
  31         void clusterNames();
  32         int getUpmostParent(int);
  33         int makeActive();
  34         void printInfo();
  35         void updateArrayandLinkTable();
  36         void updateMap();
  37
  38         RAbundVector* rabund;
  39         ListVector* list;
  40
  41         vector<clusterNode> clusterArray;
  42         vector< map<int, int> > linkTable;  // vector of maps - linkTable[1][6] = 2  would mean sequence in spot 1 has 2 links with sequence in 6
  43         map<int, int> activeLinks;  //maps sequence to index in linkTable
  44         map<int, int>::iterator it;
  45         map<int, int>::iterator it2;
  46
  47         int numSeqs;
  48         int smallRow;
  49         int smallCol;
  50         float smallDist;
  51         map<string, int> seq2Bin;
  52         bool mapWanted;
  53
  54 };
  55
  56 /***********************************************************************/
  57
  58
  59
  60
  61
  62
  63
  64 #endif
  65
  66