hcluster.h

   1 #ifndef HCLUSTER_H
   2 #define HCLUSTER_H
   3
   4 /*
   5  *  hcluster.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 10/13/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "mothur.h"
  15 #include "nameassignment.hpp"
  16
  17 class RAbundVector;
  18 class ListVector;
  19
  20 /***********************************************************************/
  21 class HCluster {
  22
  23 public:
  24         HCluster(RAbundVector*, ListVector*, string);
  25         ~HCluster(){};
  26     void update(int, int, float);
  27         void setMapWanted(bool m);
  28         map<string, int> getSeqtoBin()  {  return seq2Bin;      }
  29         vector<seqDist> getSeqs(ifstream&, NameAssignment*, float);
  30
  31 protected:
  32         void clusterBins();
  33         void clusterNames();
  34         int getUpmostParent(int);
  35         int makeActive();
  36         void printInfo();
  37         void updateArrayandLinkTable();
  38         void updateMap();
  39
  40         RAbundVector* rabund;
  41         ListVector* list;
  42
  43         vector<clusterNode> clusterArray;
  44         vector< map<int, int> > linkTable;  // vector of maps - linkTable[1][6] = 2  would mean sequence in spot 1 has 2 links with sequence in 6
  45         map<int, int> activeLinks;  //maps sequence to index in linkTable
  46         map<int, int>::iterator it;
  47         map<int, int>::iterator it2;
  48
  49         int numSeqs;
  50         int smallRow;
  51         int smallCol;
  52         float smallDist;
  53         map<string, int> seq2Bin;
  54         bool mapWanted, exitedBreak;
  55         seqDist next;
  56         string method;
  57
  58 };
  59
  60 /***********************************************************************/
  61
  62
  63
  64
  65
  66
  67
  68 #endif
  69
  70