hcluster.h

   1 #ifndef HCLUSTER_H
   2 #define HCLUSTER_H
   3
   4 /*
   5  *  hcluster.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 10/13/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "mothur.h"
  15 #include "nameassignment.hpp"
  16
  17 class RAbundVector;
  18 class ListVector;
  19
  20 /***********************************************************************/
  21 struct linkNode {
  22         int     links;
  23         float dist;
  24
  25         linkNode() {};
  26         linkNode(int l, float a) : links(l), dist(a) {};
  27         ~linkNode() {};
  28 };
  29
  30 /***********************************************************************/
  31 class HCluster {
  32
  33 public:
  34         HCluster(RAbundVector*, ListVector*, string, string, NameAssignment*, float);
  35         ~HCluster(){};
  36     bool update(int, int, float);
  37         void setMapWanted(bool m);
  38         map<string, int> getSeqtoBin()  {  return seq2Bin;      }
  39         vector<seqDist> getSeqs();
  40
  41 protected:
  42         void clusterBins();
  43         void clusterNames();
  44         int getUpmostParent(int);
  45         int makeActive();
  46         void printInfo();
  47         void updateArrayandLinkTable();
  48         void updateMap();
  49         vector<seqDist> getSeqsFNNN();
  50         vector<seqDist> getSeqsAN();
  51         void combineFile();
  52         void processFile();
  53         seqDist getNextDist(char*, int&, int);
  54
  55         RAbundVector* rabund;
  56         ListVector* list;
  57         NameAssignment* nameMap;
  58
  59         vector<clusterNode> clusterArray;
  60
  61         //note: the nearest and average neighbor method do not use the link table or active links
  62         vector< map<int, int> > linkTable;  // vector of maps - linkTable[1][6] = 2  would mean sequence in spot 1 has 2 links with sequence in 6
  63         map<int, int> activeLinks;  //maps sequence to index in linkTable
  64         map<int, int>::iterator it;
  65         map<int, int>::iterator itActive;
  66         map<int, int>::iterator it2Active;
  67         map<int, int>::iterator it2;
  68
  69         int numSeqs;
  70         int smallRow;
  71         int smallCol;
  72         float smallDist, cutoff;
  73         map<string, int> seq2Bin;
  74         bool mapWanted, exitedBreak;
  75         seqDist next;
  76         string method, distfile;
  77         ifstream filehandle;
  78
  79         vector<seqDist> mergedMin;
  80         string partialDist;
  81
  82
  83 };
  84
  85 /***********************************************************************/
  86
  87
  88
  89
  90
  91
  92
  93 #endif
  94
  95