hcluster.h

   1 #ifndef HCLUSTER_H
   2 #define HCLUSTER_H
   3
   4 /*
   5  *  hcluster.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 10/13/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "mothur.h"
  15
  16 class RAbundVector;
  17 class ListVector;
  18 /************************************************************/
  19 struct clusterNode {
  20         int numSeq;
  21         int parent;
  22         int smallChild; //used to make linkTable work with list and rabund
  23         clusterNode(int num, int par, int kid) : numSeq(num), parent(par), smallChild(kid) {};
  24 };
  25
  26 /***********************************************************************/
  27 class HCluster {
  28
  29 public:
  30         HCluster(RAbundVector*, ListVector*);
  31     bool update(int, int, float);
  32         //string getTag();
  33
  34 protected:
  35         void clusterBins();
  36         void clusterNames();
  37         int getUpmostParent(int);
  38         int makeActive();
  39         void printInfo();
  40         void updateArrayandLinkTable();
  41
  42         RAbundVector* rabund;
  43         ListVector* list;
  44
  45         vector<clusterNode> clusterArray;
  46         vector< map<int, int> > linkTable;  // vector of maps - linkTable[1][6] = 2  would mean sequence in spot 1 has 2 links with sequence in 6
  47         map<int, int> activeLinks;  //maps sequence to index in linkTable
  48         map<int, int>::iterator it;
  49         map<int, int>::iterator it2;
  50
  51         int numSeqs;
  52
  53         int smallRow;
  54         int smallCol;
  55         float smallDist;
  56
  57 };
  58
  59 /***********************************************************************/
  60
  61
  62
  63
  64
  65
  66
  67 #endif
  68
  69