groupmap.h

   1 #ifndef GROUPMAP_H
   2 #define GROUPMAP_H
   3 /*
   4  *  groupmap.h
   5  *  Dotur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 12/1/08.
   8  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "utilities.hpp"
  14
  15 /* This class is a representation of the groupfile.  It is used by all the shared commands to determine what group a
  16         certain sequence belongs to. */
  17
  18 class GroupMap {
  19 public:
  20         GroupMap() {};
  21         GroupMap(string);
  22         ~GroupMap();
  23         void readMap();
  24         int getNumGroups();
  25         string getGroup(string);
  26         void setGroup(string, string);
  27         vector<string> namesOfGroups;
  28         map<string, int> groupIndex;  //groupname, vectorIndex in namesOfGroups. - used by collectdisplays.
  29
  30 private:
  31         ifstream fileHandle;
  32         string groupFileName;
  33         int index;
  34         map<string, string>::iterator it;
  35         void setNamesOfGroups(string);
  36         map<string, string> groupmap; //sequence name and groupname
  37 };
  38
  39 #endif