groupmap.h

   1 #ifndef GROUPMAP_H
   2 #define GROUPMAP_H
   3 /*
   4  *  groupmap.h
   5  *  Dotur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 12/1/08.
   8  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13
  14 /* This class is a representation of the groupfile.  It is used by all the shared commands to determine what group a
  15         certain sequence belongs to. */
  16
  17 class GroupMap {
  18 public:
  19         GroupMap() {};
  20         GroupMap(string);
  21         ~GroupMap();
  22         void readMap();
  23         int getNumGroups();
  24         bool isValidGroup(string);  //return true if string is a valid group
  25         string getGroup(string);
  26         void setGroup(string, string);
  27         vector<string> namesOfGroups;
  28         map<string, int> groupIndex;  //groupname, vectorIndex in namesOfGroups. - used by collectdisplays and libshuff commands.
  29         int getNumSeqs()  {  return groupmap.size();  }
  30         vector<string> getNamesSeqs();
  31         int getNumSeqs(string); //return the number of seqs in a given group
  32
  33 private:
  34         ifstream fileHandle;
  35         string groupFileName;
  36         int index;
  37         map<string, string>::iterator it;
  38         void setNamesOfGroups(string);
  39         map<string, string> groupmap; //sequence name and groupname
  40         map<string, int> seqsPerGroup;  //maps groupname to number of seqs in that group
  41 };
  42
  43 #endif