groupmap.h

   1 #ifndef GROUPMAP_H
   2 #define GROUPMAP_H
   3 /*
   4  *  groupmap.h
   5  *  Dotur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 12/1/08.
   8  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include <Carbon/Carbon.h>
  13 #include <map>
  14 #include <string>
  15 #include <iostream>
  16 #include <fstream>
  17 #include "utilities.hpp"
  18
  19 /* This class is a representation of the groupfile.  It is used by all the shared commands to determine what group a
  20         certain sequence belongs to. */
  21
  22 class GroupMap {
  23 public:
  24         GroupMap(string);
  25         ~GroupMap();
  26         void readMap();
  27         int getNumGroups();
  28         string getGroup(string);
  29         vector<string> namesOfGroups;
  30
  31 private:
  32         ifstream fileHandle;
  33         string groupFileName;
  34         int numGroups;
  35         map<string, string>::iterator it;
  36         void setNamesOfGroups(string);
  37         map<string, string> groupmap; //sequence name and groupname
  38 };
  39
  40 #endif