groupmap.h

   1 #ifndef GROUPMAP_H
   2 #define GROUPMAP_H
   3 /*
   4  *  groupmap.h
   5  *  Dotur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 12/1/08.
   8  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "mothurout.h"
  14
  15 /* This class is a representation of the groupfile.  It is used by all the shared commands to determine what group a
  16         certain sequence belongs to. */
  17
  18 class GroupMap {
  19 public:
  20         GroupMap() {};
  21         GroupMap(string);
  22         ~GroupMap();
  23         int readMap();
  24         int readDesignMap();
  25         int getNumGroups();
  26         bool isValidGroup(string);  //return true if string is a valid group
  27         string getGroup(string);
  28         void setGroup(string, string);
  29         vector<string> namesOfGroups;
  30         map<string, int> groupIndex;  //groupname, vectorIndex in namesOfGroups. - used by collectdisplays and libshuff commands.
  31         int getNumSeqs()  {  return groupmap.size();  }
  32         vector<string> getNamesSeqs();
  33         vector<string> getNamesSeqs(vector<string>); //get names of seqs belonging to a group or set of groups
  34         int getNumSeqs(string); //return the number of seqs in a given group
  35
  36 private:
  37         MothurOut* m;
  38         ifstream fileHandle;
  39         string groupFileName;
  40         int index;
  41         map<string, string>::iterator it;
  42         void setNamesOfGroups(string);
  43         map<string, string> groupmap; //sequence name and groupname
  44         map<string, int> seqsPerGroup;  //maps groupname to number of seqs in that group
  45 };
  46
  47 #endif