globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include "mothur.h"
   5 #include "groupmap.h"
   6 #include "treemap.h"
   7
   8 #include "rabundvector.hpp"
   9 #include "sabundvector.hpp"
  10 #include "listvector.hpp"
  11
  12
  13 using namespace std;
  14
  15 class ListVector;
  16 class SharedListVector;
  17 class SparseMatrix;
  18 class FullMatrix;
  19 class Tree;
  20 class OrderVector;
  21 class InputData;
  22 class GroupMap;
  23 class TreeMap;
  24 class SAbundVector;
  25 class RAbundVector;
  26 class SequenceDB;
  27
  28 class GlobalData {
  29 public:
  30         static GlobalData* getInstance();
  31         ListVector* gListVector;
  32         SparseMatrix* gSparseMatrix;
  33         InputData* ginput;
  34         OrderVector* gorder;
  35         ListVector* glist;
  36         vector<Tree*> gTree;
  37         SharedListVector* gSharedList;
  38         SAbundVector* sabund;
  39         RAbundVector* rabund;
  40         GroupMap* gGroupmap;
  41         FullMatrix* gMatrix;
  42         TreeMap* gTreemap;
  43         SequenceDB* gSequenceDB;
  44         string inputFileName, helpRequest, commandName, vertical, argv;
  45         bool allLines;
  46         vector<string>  Estimators, Groups; //holds estimators to be used
  47         set<int> lines; //hold lines to be used
  48         set<string> labels; //holds labels to be used
  49         vector<string> Treenames;
  50
  51         string getPhylipFile();
  52         string getColumnFile();
  53         string getListFile();
  54         string getRabundFile();
  55         string getSabundFile();
  56         string getNameFile();
  57         string getGroupFile();
  58         string getOrderFile();
  59         string getFastaFile();
  60         string getNexusFile();
  61         string getClustalFile();
  62         string getTreeFile();
  63         string getSharedFile();
  64         string getCutOff();
  65         string getFormat();
  66         string getPrecision();
  67         string getMethod();
  68         string getFileRoot();
  69         string getIters();
  70         string getJumble();
  71         string getFreq();
  72         string getAbund();
  73         string getRandomTree();
  74         string getGroups();
  75         string getStep();
  76         string getForm();
  77         string getSorted();
  78         string getEnds();
  79         string getProcessors();
  80         string getSize();
  81         string getCandidateFile();
  82         string getSearch();
  83         string getKSize();
  84         string getAlign();
  85         string getMatch();
  86         string getMismatch();
  87         string getGapopen();
  88         string getGapextend();
  89         string getTrump();
  90         string getSoft();
  91         string getFilter();
  92         string getScale();
  93
  94
  95         void setListFile(string);
  96         void setGroupFile(string file);
  97         void setPhylipFile(string);
  98         void setColumnFile(string);
  99         void setNameFile(string);
 100         void setRabundFile(string);
 101         void setSabundFile(string);
 102         void setSharedFile(string);
 103         void setFormat(string);
 104         void setRandomTree(string);
 105         void setGroups(string);
 106         void setCalc(string);
 107         void setEnds(string);
 108         void setProcessors(string);
 109
 110         void clear();
 111         void clearLabels();
 112         void clearAbund();
 113
 114         void parseGlobalData(string, string);
 115
 116         void parseTreeFile();           //parses through tree file to find names of nodes and number of them
 117                                                         //this is required in case user has sequences in the names file that are
 118                                                         //not included in the tree.
 119                                                         //only takes names from the first tree in the tree file and assumes that all trees use the same names.
 120
 121
 122 private:
 123
 124         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, fastafile, nexusfile, clustalfile, treefile, sharedfile, line, label, randomtree, groups;
 125         string cutoff, format, precision, method, fileroot, iters, jumble, freq, calc, abund, step, form, sorted, trump, soft, filter, scale, ends, processors, candidatefile, search, ksize, align, match, size;
 126         string mismatch, gapopen, gapextend;
 127
 128
 129         static GlobalData* _uniqueInstance;
 130         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
 131         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
 132         GlobalData();
 133         ~GlobalData();
 134         void reset();   //clears all non filename parameters
 135         void readTreeString(ifstream&);
 136
 137
 138
 139 };
 140
 141 #endif