globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include "mothur.h"
   5 #include "groupmap.h"
   6 #include "treemap.h"
   7 #include "rabundvector.hpp"
   8 #include "sabundvector.hpp"
   9 #include "listvector.hpp"
  10
  11 class ListVector;
  12 class SharedListVector;
  13 class SparseMatrix;
  14 class FullMatrix;
  15 class Tree;
  16 class OrderVector;
  17 class InputData;
  18 class GroupMap;
  19 class TreeMap;
  20 class SAbundVector;
  21 class RAbundVector;
  22 class SequenceDB;
  23
  24 class GlobalData {
  25 public:
  26         static GlobalData* getInstance();
  27         ListVector* gListVector;
  28         SparseMatrix* gSparseMatrix;
  29         InputData* ginput;
  30         OrderVector* gorder;
  31         ListVector* glist;
  32         vector<Tree*> gTree;
  33         SharedListVector* gSharedList;
  34         SAbundVector* sabund;
  35         RAbundVector* rabund;
  36         GroupMap* gGroupmap;
  37         FullMatrix* gMatrix;
  38         TreeMap* gTreemap;
  39         SequenceDB* gSequenceDB;
  40         string inputFileName, helpRequest, commandName, vertical, argv;
  41         bool allLines;
  42         vector<string>  Estimators, Groups; //holds estimators to be used
  43         set<int> lines; //hold lines to be used
  44         set<string> labels; //holds labels to be used
  45         vector<string> Treenames;
  46
  47         string getPhylipFile();
  48         string getColumnFile();
  49         string getListFile();
  50         string getRabundFile();
  51         string getSabundFile();
  52         string getNameFile();
  53         string getGroupFile();
  54         string getOrderFile();
  55         string getFastaFile();
  56         string getTreeFile();
  57         string getSharedFile();
  58         string getCutOff();
  59         string getFormat();
  60         string getPrecision();
  61         string getMethod();
  62         string getFileRoot();
  63         string getIters();
  64         string getJumble();
  65         string getFreq();
  66         string getAbund();
  67         string getRandomTree();
  68         string getGroups();
  69         string getStep();
  70         string getForm();
  71         string getSorted();
  72         string getCountEnds();
  73         string getProcessors();
  74         string getSize();
  75         string getCandidateFile();
  76         string getSearch();
  77         string getKSize();
  78         string getAlign();
  79         string getMatch();
  80         string getMismatch();
  81         string getGapopen();
  82         string getGapextend();
  83         string getVertical();
  84         string getTrump();
  85         string getSoft();
  86         string getHard();
  87         string getScale();
  88         string getStartPos();
  89         string getEndPos();
  90         string getMaxAmbig();
  91         string getMaxHomoPolymer();
  92         string getMinLength();
  93         string getMaxLength();
  94
  95         void setListFile(string);
  96         void setGroupFile(string file);
  97         void setPhylipFile(string);
  98         void setColumnFile(string);
  99         void setNameFile(string);
 100         void setRabundFile(string);
 101         void setSabundFile(string);
 102         void setSharedFile(string);
 103         void setFormat(string);
 104         void setRandomTree(string);
 105         void setGroups(string);
 106         void setCalc(string);
 107         void setCountEnds(string);
 108         void setProcessors(string);
 109
 110         void clear();
 111         void clearLabels();
 112         void clearAbund();
 113
 114         void parseGlobalData(string, string);
 115
 116         void parseTreeFile();   //parses through tree file to find names of nodes and number of them
 117                                                         //this is required in case user has sequences in the names file that are
 118                                                         //not included in the tree.
 119                                                         //only takes names from the first tree in the tree file and assumes that all trees use the same names.
 120
 121
 122 private:
 123
 124         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, fastafile, treefile, sharedfile, line, label, randomtree, groups, cutoff, format, precision, method, fileroot, iters, jumble, freq, calc, abund, step, form, sorted, trump, soft, hard, scale, countends, processors, candidatefile, search, ksize, align, match, size, mismatch, gapopen, gapextend, minLength, maxLength, startPos, endPos, maxAmbig, maxHomoPolymer;
 125
 126
 127         static GlobalData* _uniqueInstance;
 128         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
 129         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
 130         GlobalData();
 131         ~GlobalData();
 132         void reset();   //clears all non filename parameters
 133         void readTreeString(ifstream&);
 134
 135
 136
 137 };
 138
 139 #endif