globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include <string>
   5 #include <vector>
   6 #include <set>
   7 #include "groupmap.h"
   8
   9 using namespace std;
  10
  11 class ListVector;
  12 class SparseMatrix;
  13 class OrderVector;
  14 class InputData;
  15 class GroupMap;
  16 class SAbundVector;
  17
  18 class GlobalData {
  19 public:
  20         static GlobalData* getInstance();
  21         ListVector* getListVector();
  22         SparseMatrix* getSparseMatrix();
  23         InputData* ginput;
  24         OrderVector* gorder;
  25         ListVector* glist;
  26         SAbundVector* sabund;
  27         GroupMap* gGroupmap;
  28         string inputFileName, helpRequest, commandName;
  29         bool allLines;
  30         vector<string> singleEstimators, summaryEstimators, sharedEstimators, rareEstimators, sharedRareEstimators, sharedSummaryEstimators; //holds estimators to be used
  31         set<int> lines; //hold lines to be used
  32         set<string> labels; //holds labels to be used
  33
  34         string getPhylipFile();
  35         string getColumnFile();
  36         string getListFile();
  37         string getRabundFile();
  38         string getSabundFile();
  39         string getNameFile();
  40         string getGroupFile();
  41         string getOrderFile();
  42         string getCutOff();
  43         string getFormat();
  44         string getPrecision();
  45         string getMethod();
  46         string getFileRoot();
  47         string getIters();
  48         string getJumble();
  49         string getFreq();
  50         void setListFile(string);
  51         void setPhylipFile(string);
  52         void setColumnFile(string);
  53         void setNameFile(string);
  54         void setRabundFile(string);
  55         void setSabundFile(string);
  56         void setFormat(string);
  57
  58
  59         void setListVector(ListVector*);
  60         void setSparseMatrix(SparseMatrix*);
  61         void clear();
  62
  63         void parseGlobalData(string, string);
  64         void splitAtEquals(string&, string&);
  65         void splitAtComma(string&, string&);
  66         void splitAtDash(string&, vector<string>&);
  67         void splitAtDash(string&, set<int>&);
  68         void splitAtDash(string&, set<string>&);
  69
  70 private:
  71         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, line, label;
  72         string cutoff, format, precision, method, fileroot, iters, jumble, freq, single, rarefaction, shared, summary, sharedsummary, sharedrarefaction;
  73         static GlobalData* _uniqueInstance;
  74         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
  75         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
  76         GlobalData();
  77         ~GlobalData();
  78         ListVector* gListVector;
  79         SparseMatrix* gSparseMatrix;
  80         void setReadFormat(string);
  81
  82         };
  83
  84 //**********************************************************************************************************************
  85
  86 #endif