globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include <string>
   5 #include <vector>
   6 #include <set>
   7 #include "groupmap.h"
   8 #include "treemap.h"
   9
  10 using namespace std;
  11
  12 class ListVector;
  13 class SharedListVector;
  14 class SparseMatrix;
  15 class Tree;
  16 class OrderVector;
  17 class InputData;
  18 class GroupMap;
  19 class TreeMap;
  20 class SAbundVector;
  21
  22 class GlobalData {
  23 public:
  24         static GlobalData* getInstance();
  25         ListVector* getListVector();
  26         SparseMatrix* getSparseMatrix();
  27         InputData* ginput;
  28         OrderVector* gorder;
  29         ListVector* glist;
  30         vector<Tree*> gTree;
  31         SharedListVector* gSharedList;
  32         SAbundVector* sabund;
  33         GroupMap* gGroupmap;
  34         TreeMap* gTreemap;
  35         string inputFileName, helpRequest, commandName;
  36         bool allLines;
  37         vector<string> singleEstimators, summaryEstimators, sharedEstimators, rareEstimators, sharedRareEstimators, sharedSummaryEstimators; //holds estimators to be used
  38         set<int> lines; //hold lines to be used
  39         set<string> labels; //holds labels to be used
  40         vector<string> Groups;
  41
  42         string getPhylipFile();
  43         string getColumnFile();
  44         string getListFile();
  45         string getRabundFile();
  46         string getSabundFile();
  47         string getNameFile();
  48         string getGroupFile();
  49         string getOrderFile();
  50         string getFastaFile();
  51         string getTreeFile();
  52         string getCutOff();
  53         string getFormat();
  54         string getPrecision();
  55         string getMethod();
  56         string getFileRoot();
  57         string getIters();
  58         string getJumble();
  59         string getFreq();
  60         string getRandomTree();
  61         void setListFile(string);
  62         void setPhylipFile(string);
  63         void setColumnFile(string);
  64         void setNameFile(string);
  65         void setRabundFile(string);
  66         void setSabundFile(string);
  67         void setFormat(string);
  68         void setRandomTree(string);
  69
  70
  71         void setListVector(ListVector*);
  72         void setSparseMatrix(SparseMatrix*);
  73         void clear();
  74
  75         void parseGlobalData(string, string);
  76         void splitAtEquals(string&, string&);
  77         void splitAtComma(string&, string&);
  78         void splitAtDash(string&, vector<string>&);
  79         void splitAtDash(string&, set<int>&);
  80         void splitAtDash(string&, set<string>&);
  81
  82 private:
  83         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, fastafile, treefile, line, label, randomtree, groups;
  84         string cutoff, format, precision, method, fileroot, iters, jumble, freq, single, rarefaction, shared, summary, sharedsummary, sharedrarefaction;
  85         static GlobalData* _uniqueInstance;
  86         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
  87         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
  88         GlobalData();
  89         ~GlobalData();
  90         ListVector* gListVector;
  91         SparseMatrix* gSparseMatrix;
  92
  93
  94 };
  95
  96 //**********************************************************************************************************************
  97
  98 #endif