globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include <string>
   5 #include <vector>
   6 #include <set>
   7 #include "groupmap.h"
   8
   9 using namespace std;
  10
  11 class ListVector;
  12 class SharedListVector;
  13 class SparseMatrix;
  14 class OrderVector;
  15 class InputData;
  16 class GroupMap;
  17 class SAbundVector;
  18
  19 class GlobalData {
  20 public:
  21         static GlobalData* getInstance();
  22         ListVector* getListVector();
  23         SparseMatrix* getSparseMatrix();
  24         InputData* ginput;
  25         OrderVector* gorder;
  26         ListVector* glist;
  27         SharedListVector* gSharedList;
  28         SAbundVector* sabund;
  29         GroupMap* gGroupmap;
  30         string inputFileName, helpRequest, commandName;
  31         bool allLines;
  32         vector<string> singleEstimators, summaryEstimators, sharedEstimators, rareEstimators, sharedRareEstimators, sharedSummaryEstimators; //holds estimators to be used
  33         set<int> lines; //hold lines to be used
  34         set<string> labels; //holds labels to be used
  35
  36         string getPhylipFile();
  37         string getColumnFile();
  38         string getListFile();
  39         string getRabundFile();
  40         string getSabundFile();
  41         string getNameFile();
  42         string getGroupFile();
  43         string getOrderFile();
  44         string getFastaFile();
  45         string getCutOff();
  46         string getFormat();
  47         string getPrecision();
  48         string getMethod();
  49         string getFileRoot();
  50         string getIters();
  51         string getJumble();
  52         string getFreq();
  53         void setListFile(string);
  54         void setPhylipFile(string);
  55         void setColumnFile(string);
  56         void setNameFile(string);
  57         void setRabundFile(string);
  58         void setSabundFile(string);
  59         void setFormat(string);
  60
  61
  62         void setListVector(ListVector*);
  63         void setSparseMatrix(SparseMatrix*);
  64         void clear();
  65
  66         void parseGlobalData(string, string);
  67         void splitAtEquals(string&, string&);
  68         void splitAtComma(string&, string&);
  69         void splitAtDash(string&, vector<string>&);
  70         void splitAtDash(string&, set<int>&);
  71         void splitAtDash(string&, set<string>&);
  72
  73 private:
  74         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, fastafile,line, label;
  75         string cutoff, format, precision, method, fileroot, iters, jumble, freq, single, rarefaction, shared, summary, sharedsummary, sharedrarefaction;
  76         static GlobalData* _uniqueInstance;
  77         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
  78         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
  79         GlobalData();
  80         ~GlobalData();
  81         ListVector* gListVector;
  82         SparseMatrix* gSparseMatrix;
  83
  84 };
  85
  86 //**********************************************************************************************************************
  87
  88 #endif